1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaaaacttaagatggaaataaactacaaaaatattgcacaattaatatacttcaataatcttttttgaatttgtctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAAAGATCAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGTGATGGAGGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G36360.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTEST: gi|193667558|gb|FK609796.1|FK609796
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTTTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGEST: gi|20812936|gb|BQ297414.1|BQ297414
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTTTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTG
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTTTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
tatacttcaataatcttttttgaatttgtctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAAAGATCAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGTGATGGAGGAA
gattgat putative branch site (score: 4)
ttcaataatctttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaaacttaagatggaaataaactacaaaaatattgcacaattaatatacttcaataatcttttttgaatttgtctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAAAGATCAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGTGATGGAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgcacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgattg