Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaatatgtgaaactcatttactctcattagtaacataaacatggacacactctaaacttcgattcttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttacataacagATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGCTGGGCATGCTATCATTCGAGAGTCCGTTTATTTTGTGGATGCCATTGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G34640.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6070597|gb|AW099984.1|AW099984
EST:     ACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCTCTGCTGAAAGCCACAG                         ATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGC
genomic: ACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCTCTGCTGAAAGCCACAGgtgaatatgt ... tacataacagATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGC
EST: gi|298182969|gb|HO028232.1|HO028232
EST:     ACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCTCTGCTGAAAGCCACAG                         ATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGC
genomic: ACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCTCTGCTGAAAGCCACAGgtgaatatgt ... tacataacagATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaacttcgattcttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttacataacagATGTGAAATGAAGCATGTGCTGTTGGAAATGGACCGAATTTTAAGACCTGCTGGGCATGCTATCATTCGAGAGTCCGTTTATTTTGTGGATGCCATTGCT
                        ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                       ttttgtt  putative PPT
                 aatatgttt  TA-rich tract