1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagtttaaaatattccaatttatttatataaaattgtgtattatttttgcataaccagaattgttgatgctaagttcaacaatggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCCTGCTTTTCCTGGAGGATTGCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G06650.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTEST: gi|7795266|gb|AW780663.1|AW780663
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTT
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCEST: gi|254333555|gb|GR848473.1|GR848473
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: GCATGCTTGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCEST: gi|22929152|gb|BU546291.1|BU546291
genomic: GCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCEST: gi|209726446|gb|BW662811.1|BW662811
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCEST: gi|254325977|gb|GR838858.1|GR838858
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG GGCCTA-TGACCCC-GT-GGTTTGGTGGTGT-GGTG-TATTGGTGGAGAEST: gi|22928233|gb|BU545372.1|BU545372
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGA
EST: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTCGTAG GGCCTAATGACCCCCGTTGGTTCGGTGGTGTCGGTGGTATTGGTGGAGATCEST: gi|192296179|gb|FG991549.1|FG991549
genomic: GGGTGGTCATGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATC
EST: GGGTGGTCATGGGCATTGGTGGAAGCATGCTTGTAG G-CCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGG
genomic: GGGTGGTCATGG-CATTGGTGGAAGCATGCTTGTAGgtaagtttaa ... atggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGG
tgtattatttttgcataaccagaattgttgatgctaagttcaacaatggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCCTGCTTTTCCTGGAGGATTGCC
tattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttaaaatattccaatttatttatataaaattgtgtattatttttgcataaccagaattgttgatgctaagttcaacaatggaagcagGGCCTAATGACCCCCGTTGGTTTGGTGGTGTTGGTGGTATTGGTGGAGATCCTGCTTTTCCTGGAGGATTGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT