1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaaaggagctatactgttatgtgtattaaggggaattttaaagctagtcttatgtccactgttctgaaaagaaatctgtaacagttgaacttaacagatattatttactctgtctgactcatttgagatgagttctcaattctttgtggaggttctgaagataaattttcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGACCTGGACGGATTGACCGGAAGATTGAATTTCCAAACCCTAATGAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G24000.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGA-TTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATAT-CTGGATCAAGCCCTCTTTAGAEST: gi|254325634|gb|GR838515.1|GR838515
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|151400412|gb|EV270226.1|EV270226
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|16346794|gb|BI972389.1|BI972389
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|16279574|gb|BI943506.1|BI943506
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|209705801|gb|BW661469.1|BW661469
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: CTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|9819982|gb|BE555495.1|BE555495
genomic: CTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|254349062|gb|GR860334.1|GR860334
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|31306289|gb|CD391492.1|CD391492
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|15589667|gb|BI674283.1|BI674283
genomic: TTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|13562459|gb|BG550679.1|BG550679
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|254333837|gb|GR848755.1|GR848755
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|15661720|gb|BI699091.1|BI699091
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|192298661|gb|FG990957.1|FG990957
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|37997552|gb|CF809141.1|CF809141
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: CTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|15589675|gb|BI674291.1|BI674291
genomic: CTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|208095215|gb|GD895753.1|GD895753
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|254325633|gb|GR838514.1|GR838514
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACA-GATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTEST: gi|151412070|gb|EV281882.1|EV281882
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTT
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|16284142|gb|BI945928.1|BI945928
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAC GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCTCTACTTAGAEST: gi|120534367|gb|EH262500.1|EH262500
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|208147800|gb|GD947595.1|GD947595
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: GAACTTCTCAATCTAGTTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|16996050|gb|BM085422.1|BM085422
genomic: GAACTTCTCAATC-AG-TTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|120494201|gb|EH222368.1|EH222368
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAATTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|18690675|gb|BM519523.1|BM519523
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGAEST: gi|208134117|gb|GD931336.1|GD931336
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
EST: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGAEST: gi|209706925|gb|BW661510.1|BW661510
genomic: TGGAACTTCTCAATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGA
EST: ATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAG GTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
genomic: ATCAGTTGGATGGATTTGAAGCTTCAAACAAGATCAAGgtaaaggagc ... tcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGA
tgagatgagttctcaattctttgtggaggttctgaagataaattttcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGACCTGGACGGATTGACCGGAAGATTGAATTTCCAAACCCTAATGAAGAG
ttttc CT-rich tract
aagataaattttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaggagctatactgttatgtgtattaaggggaattttaaagctagtcttatgtccactgttctgaaaagaaatctgtaacagttgaacttaacagatattatttactctgtctgactcatttgagatgagttctcaattctttgtggaggttctgaagataaattttcaattgtagGTTTTGATGGCCACAAATCGGATTGATATCCTGGATCAAGCCCTCCTTAGACCTGGACGGATTGACCGGAAGATTGAATTTCCAAACCCTAATGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA