1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaatttttatttttagtcactcactctctttcaaattcaattggttctttatttgactcttcggtaattaatttattggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTGAGATATTCATGGGCGGAAAGAACACAATTGTGTTGCACAACACTTGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G14670.3 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14999986|gb|BI320800.1|BI320800
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14206199|gb|BG839877.1|BG839877
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14011656|gb|BG726578.1|BG726578
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|5678158|gb|AI939288.1|AI939288
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTNGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGCGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|10232086|gb|BE800974.1|BE800974
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|51337208|gb|CO981074.1|CO981074
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|20813067|gb|BQ297545.1|BQ297545
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGACTACTCTTCTEST: gi|193379806|gb|FK345364.1|FK345364
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|15287268|gb|BI471159.1|BI471159
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|10231637|gb|BE800525.1|BE800525
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|26058223|gb|CA801137.1|CA801137
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|26059654|gb|CA802568.1|CA802568
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|31310622|gb|CD395825.1|CD395825
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14259830|gb|BG882738.1|BG882738
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|15285683|gb|BI469574.1|BI469574
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: GGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120494127|gb|EH222294.1|EH222294
genomic: GGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120492592|gb|EH220759.1|EH220759
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120494362|gb|EH222529.1|EH222529
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: GTTGTCATAAAG TATGTACCTTAC-TTTGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|151403113|gb|EV272923.1|EV272923
genomic: GTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|17519636|gb|BM188678.1|BM188678
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|9259624|gb|BE347771.1|BE347771
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: ATCCTCTATGAG-CTGGGTGAACAT-CGGNACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACTTTACGTTGAGGACAGCTAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|10232107|gb|BE800995.1|BE800995
genomic: ATCCTCTATGAGCCT-GGTGAACATCCGG-ACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|8402389|gb|BE058023.1|BE058023
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120528740|gb|EH256874.1|EH256874
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120493272|gb|EH221439.1|EH221439
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: TCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120492384|gb|EH220551.1|EH220551
genomic: TCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120492885|gb|EH221052.1|EH221052
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|15204497|gb|BI427265.1|BI427265
genomic: CCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14206213|gb|BG839891.1|BG839891
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGG-GAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|20448975|gb|BQ253099.1|BQ253099
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|14011829|gb|BG726751.1|BG726751
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGTCTATGTGGTTGTCATTAAG TATTTTCCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|120492542|gb|EH220709.1|EH220709
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTEST: gi|10843347|gb|BF066650.1|BF066650
genomic: CTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAG TATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
genomic: CCATCCTCTATGAGCCTGGTGAACATCCGGACCATGTGGTTGTCATTAAGgtaattttta ... ggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCT
aaattcaattggttctttatttgactcttcggtaattaatttattggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTGAGATATTCATGGGCGGAAAGAACACAATTGTGTTGCACAACACTTGTG
aattaat putative branch site (score: 3)
taattaatttattggt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttttatttttagtcactcactctctttcaaattcaattggttctttatttgactcttcggtaattaatttattggttttgcagTATGTACCTTACGTTGGGGACAGCAAGAGGGCCATGGATGAGTACTCTTCTGAGATATTCATGGGCGGAAAGAACACAATTGTGTTGCACAACACTTGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC