1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tattttatcttgtgttatgcttaaacgtggtaaataattgcactttaaattttgaccctttagtggttgaaggtgaagagatcaaaatttttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTAAGCGGGTATATGTTACAAACTCACTCTTCAGTGCATGGGATAAACAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G11400.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCAGACATCCAG GGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTEST: gi|192314891|gb|FK010709.1|FK010709
genomic: TCCAGACATCCAGgtttgtgcag ... ttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGT
EST: CAATAACCGAAGATGGTAATACTTGGCAATCTGATGTTCCAGACATCCAG GGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTEST: gi|213593453|gb|DB977140.1|DB977140
genomic: CAATAACCGAAGATGGTAATACTTGGCAATCTGATGTTCCAGACATCCAGgtttgtgcag ... ttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGT
EST: CGAAGATGGTAATACTTGGCTATTTGATGTTCCAGACATCGAT GGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTEST: gi|213604218|gb|DB974260.1|DB974260
genomic: CGAAGATGGTAATACTTGGCAATCTGATGTTCCAGACATCCAGgtttgtgcag ... ttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGT
EST: AATAACCGAAGATGGTAATACTTGGCAGAT-TGATGTTCCAGACATCCAG GGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGT
genomic: AATAACCGAAGATGGTAATACTTGGCA-ATCTGATGTTCCAGACATCCAGgtttgtgcag ... ttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGT
taaattttgaccctttagtggttgaaggtgaagagatcaaaatttttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTAAGCGGGTATATGTTACAAACTCACTCTTCAGTGCATGGGATAAACAAT
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttttt CT-rich tract
aagagatcaaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattttatcttgtgttatgcttaaacgtggtaaataattgcactttaaattttgaccctttagtggttgaaggtgaagagatcaaaatttttaatttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTCTGGATGGTAAGCGGGTATATGTTACAAACTCACTCTTCAGTGCATGGGATAAACAAT
- - - -tcttgtg
- - - - - - - -tatgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtggttg