1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...caaatttttcatattctatcagtatgggtaataacacataaattgcttgtgttatgtgtttaattctatccttgtgtttgtttatgtgtgtcttgcgcagGGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAGAAGATGAAAGCACCCAATGAGCTGCATGTCATCGATGGTGGTGACCACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G02600.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAGATGAAACACTGTTACAGCTAACAGTTCCTACAATGTTTGTACAG GGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAGEST: gi|151409053|gb|EV278861.1|EV278861
genomic: TTAGAGATGAAACACTGTTACAGCTAACAGTTCCTACAATGTTTGTACAGgtagtttttt ... tcttgcgcagGGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAG
EST: TTAGAGATGAAACACTGTTACAGCTAACAGTTCCTACAATGTTTGTACAG GGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAG
genomic: TTAGAGATGAAACACTGTTACAGCTAACAGTTCCTACAATGTTTGTACAGgtagtttttt ... tcttgcgcagGGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAG
cttgtgttatgtgtttaattctatccttgtgtttgtttatgtgtgtcttgcgcagGGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAGAAGATGAAAGCACCCAATGAGCTGCATGTCATCGATGGTGGTGACCACT
gtttaat putative branch site (score: 4)
ttatgtgtttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaatttttcatattctatcagtatgggtaataacacataaattgcttgtgttatgtgtttaattctatccttgtgtttgtttatgtgtgtcttgcgcagGGCAGCAAGGATGGTCTCTGTCCACTTGAGAAGTTAGAAACCACTCGGAAGAAGATGAAAGCACCCAATGAGCTGCATGTCATCGATGGTGGTGACCACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - aacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgtgtg