Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttgtacatcatgcatgccttctgctgttactaatctaaatgttacaccagatttttagaaactgaattgttgggtcatgtttgtagGGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATATCTGGTGAATACTTTATGGATAGCAATAAGGGAACCCCAGCCTCTCTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G01870.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16341565|gb|BI967160.1|BI967160
EST:     CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAG                         GGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA
genomic: CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAGgtattttgta ... atgtttgtagGGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA
EST: gi|6747047|gb|AW317503.1|AW317503
EST:     CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAG                         GGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA
genomic: CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAGgtattttgta ... atgtttgtagGGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA
EST: gi|31470667|gb|CD412695.1|CD412695
EST:     CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAG                         GGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA
genomic: CTGTTGCTAATATGGTGGGCAAGTACTTCCTTAAAAATGTGCAACAGgtattttgta ... atgtttgtagGGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatctaaatgttacaccagatttttagaaactgaattgttgggtcatgtttgtagGGAGCTGCAACTCAATGTTATGTGGCATTGCATCCACAAGTCAAGGGAATATCTGGTGAATACTTTATGGATAGCAATAAGGGAACCCCAGCCTCTCTGG
                   atttttagaaa  TA-rich tract