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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06590.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttt--taatggttgatcaaattga-ataat-ctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtgtgttgtgctttgatcgcaactgttggctgctgtaataatagttgatttatcacttgaacatcaaattcctcagctcttttagaaacacaaccgttacgataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttttcttctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTTGACATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTCAAGAAGGACGAGAAGCAGCTTGATTCTGATATTCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67126.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgtttt--aatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtgtgttgtgctttgatctcaactgttggctgctgtaataatagttgatttgtcacttgaacatcaaattcatcagctcttttagaaacacaaccgtcaatataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttcttctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTTGACATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTCAAGAAGGACGAGAAGCAGCTTGATTCTGATATTCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatactgta-atgttaatcagtg--tgatttt--gttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtacatgtcttccttttgatgtcatgatgttatatttggggtgtttgtttgtagttagctcattaatagtaataataatttttttgcatgaacttgttgtacaaggcatcttttatggtgactggttttccatctctgtagttttttaacgtttgttgcattatgttgct-gcagGGAGCTTTGGATGGTGGACTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGTTTCAAGAAGGATGACAAGCAGCTGGATGCTGATATCCATCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-----------gtaatct--atcatactgtaatgttaatcagtgt-----gattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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ttcccatttatctaatttccattgaactatacttttgttgtatgtttaaggaatatgtttttatggatagc--attttaacacaagatgcttgttgctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTAGATATTCCTCACAGCGATAAGAGGTTTGCTGGCTTCAAGAAGGATGATAAGCAGCTGGATGCTGATATCCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatc-tatcatactgtaatgttaatcagtgtgattt--tgttttaatggttgat---caaattgaataatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAG-------------------------------------

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatctatcatac-tgtaatgttaatcagtgtgattt--tgttttaatggttgat---caaattgaataatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAGGACGACAAGCAGTTGGATGCTGATACCCACCGCAG--

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatctatcatac-tgtaatgttaatcagtgtgatt--ttgttttaatggttgat---caaattgaataatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAGGACGACAAGCAGTTGGATGCTGATACCCACCGCAGGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-----------------------------gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaa-----ttgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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gtattaacttgtttctctttttttgttgtgagtgctcttatttgtcattcttcttgagcaaatgcttatactggcaattctttaatatccttttggttcgctgtttgaatctgtagGGTGCTTTGGATGGTGGTCTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGATTTGCTGGGTTCCACAAGGAGAACAAGCAACTTGATGCTGAAATCCACAGGAACT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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-----gtgtctttct-taatgttggac------ttctgagaacaacaactggc--aatcgtgtg---tttggtgctctgaagGGAGCATTGGATGGTGGCTTGGACATTCCTCACAGTGACAAGAGATTTTTTGGATTCTCAAATGATAGCAAGCAGCTTGATGCCGAGGTTCACCGAAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
----------------------gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
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tacactactgtccattcatgacatgcttgtttttggttgaatgtttacttgagtctacttattcccaagctagaggtcatttaat----ttcaattaactacagGGAGCACTGGATGGTGGCTTGGACATTCCTCACAGTGACAAGAGATTTGCTGGATTCTCAAAGGATAGCAAGCAGCTTGATGCCGAGGTTCATCGAAAGT

upper sequence: GLYMA07G06590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv00s0174g00190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
------------gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaata---atctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT----
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aaatgattccagatgattcttta-attttgaatttgcccattcaaaccatctcttcatcttgagcctcagcagttacctgtttcctcttaattccagggagCATTGGATGGTGGACTTGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGATTCAGCAGGGATGGTAAGCAACTTGATGCTGATGTTCACCGCAAGTATAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208084710|gb|GD879256.1|GD879256
EST:     ACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: ACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207731612|gb|GD707995.1|GD707995
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208333314|gb|GE132799.1|GE132799
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208131483|gb|GD926476.1|GD926476
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208277662|gb|GE074837.1|GE074837
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGTCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207819312|gb|GD792774.1|GD792774
EST:     TGGTCTTATTAGGACTACAAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGGTGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TGGTCTTATTAGGACTAC-AACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|6566946|gb|AW234576.1|AW234576
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTTGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208254161|gb|GE051631.1|GE051631
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|254340071|gb|GR858196.1|GR858196
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|254323520|gb|GR835966.1|GR835966
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193731522|gb|FK665348.1|FK665348
EST:     TTGGTG-CC-TAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|18039738|gb|BM308032.1|BM308032
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207745229|gb|GD715933.1|GD715933
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208214878|gb|GE014189.1|GE014189
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193388362|gb|FK357055.1|FK357055
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193491156|gb|FK453789.1|FK453789
EST:     CTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGACGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: CTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193385687|gb|FK350279.1|FK350279
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|308099024|gb|HO760865.1|HO760865
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193408768|gb|FK371540.1|FK371540
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTG-TTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|18039402|gb|BM307705.1|BM307705
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193686566|gb|FK625581.1|FK625581
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208068803|gb|GD864133.1|GD864133
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EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
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EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGA-CTCTGGATNNNNNNNTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGC
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGG-TTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGC
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EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
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genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208037319|gb|GD836620.1|GD836620
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genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208214470|gb|GE011961.1|GE011961
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT
                        atcaaattgaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatctatcatactgtaatgttaatcagtgtgattttgttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAGAAGAAGGAGCTTGATGCAGAGGTTCATCGGAAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT