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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06580.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
------------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattga-ataat-ctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtgtgttgtgctttgatcgcaactgttggctgctgtaataatagttgatttatcacttgaacatcaaattcctcagctcttttagaaacacaac-cgttacgataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttttcttctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTTGACATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTCAAGAAGGACGAGAAGCAGCTTGATTCTGATATTCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g67126.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
------------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtgtgttgtgctttgatctcaactgttggctgctgtaataatagttgatttgtcacttgaacatcaaattcatcagctcttttagaaacacaac-cgtcaatataacctttggattgttgatctgtattagtagctcatgtggatatacttctcttcttctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTTGACATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGGTTCAAGAAGGACGAGAAGCAGCTTGATTCTGATATTCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------------------------------gtaatctatcatgctgta-atgttaatcagtg--tgatttt---ttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtacatgtcttccttttgatgtcatgatgttatatttggggtgtttgtttgtagttagctcattaatagtaataataatttttttgcatgaacttgttgtacaaggcatcttttatggtgactggttttccatctctgtagttttttaacgtttgttgcattatgttgct-gcagGGAGCTTTGGATGGTGGACTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGTTTCAAGAAGGATGACAAGCAGCTGGATGCTGATATCCATCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-----------gtaatct--atcatgctgtaatgttaatcagtgt------gattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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ttcccatttatctaatttccattgaactatacttttgttgtatgtttaaggaatatgtttttatggatagc--attttaacacaagatgcttgttgctgcagGGAGCTTTGGATGGTGGTCTAGATATTCCTCACAGCGATAAGAGGTTTGCTGGCTTCAAGAAGGATGATAAGCAGCTGGATGCTGATATCCACCGCAAGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatc-tatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgat------caaattgaataatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAG-------------------------------------

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatctatcatgc-tgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaat------aatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAGGACGACAAGCAGTTGGATGCTGATACCCACCGCAG--

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------------gtaatctatcatgc-tgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatca------aattgaataatct-----gtgattgtt--tacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtatatatcttctgtttgttaccatgatattatattggtgtcattgtttgtatttagcccatcaagaataatcattttttcatgtgcttgctgtaagagtcatctcttgttgtggtgaacgatttcccatctctctagcccctttaacgtttgttgccgcagGGAGCATTGGATGGAGGCCTGGATATTCCTCACAGCGAGAAGAGGTTTGCTGGATTCAAGAAGGACGACAAGCAGTTGGATGCTGATACCCACCGCAGGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT3G25520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
------------gtaatctatcatgctgtaa-tgttaatcagtgtgattttttttaa-tggttgatcaaattgaataatctgtgat---------------tgttta------cagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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gtattaacttgtttctctttttttgttgtgagtgctcttatttgtcattcttcttgagcaaatgcttatactggcaattctttaatatccttttggttcgctgtttgaatctgtagGGTGCTTTGGATGGTGGTCTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGATTTGCTGGGTTCCACAAGGAGAACAAGCAACTTGATGCTGAAATCCACAGGAACT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
----------------------gtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
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tacactactgtccattcatgacatgcttgtttttggttgaatgtttacttgagtctacttattcccaagctag--aggtcatttaattt-caattaactacagGGAGCACTGGATGGTGGCTTGGACATTCCTCACAGTGACAAGAGATTTGCTGGATTCTCAAAGGATAGCAAGCAGCTTGATGCCGAGGTTCATCGAAAGT

upper sequence: GLYMA07G06580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv00s0174g00190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
------------gtaatctatcatgctgtaatgt---taatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT----
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aaatgattccagatgattctttaattttgaatttgcccattcaaaccatctcttcatcttgagcctcagcagttacctgtttcctcttaattccagggagCATTGGATGGTGGACTTGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCTGGATTCAGCAGGGATGGTAAGCAACTTGATGCTGATGTTCACCGCAAGTATAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298180774|gb|HO022213.1|HO022213
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGATGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193687485|gb|FK629200.1|FK629200
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193688010|gb|FK631769.1|FK631769
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193391029|gb|FK353282.1|FK353282
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAGCCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193651617|gb|FK598218.1|FK598218
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208261303|gb|GE058211.1|GE058211
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193582808|gb|FK536104.1|FK536104
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGT
EST: gi|7233784|gb|AW569127.1|AW569127
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA
EST: gi|207824520|gb|GD794216.1|GD794216
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208094364|gb|GD897001.1|GD897001
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGAATAAAGAGGTTTG
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGA-TAA-GAGGTTTG
EST: gi|9564071|gb|BE473580.1|BE473580
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAA                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATTTTCCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCT
EST: gi|193481493|gb|FK445548.1|FK445548
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|38192446|gb|CF921652.1|CF921652
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208118907|gb|GD918772.1|GD918772
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193713409|gb|FK651916.1|FK651916
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTAGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208259591|gb|GE058011.1|GE058011
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|10231886|gb|BE800774.1|BE800774
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|192328302|gb|FK020013.1|FK020013
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193686307|gb|FK625994.1|FK625994
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|10232170|gb|BE801058.1|BE801058
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193424498|gb|FK388933.1|FK388933
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|298175318|gb|HO015977.1|HO015977
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208284711|gb|GE084209.1|GE084209
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
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EST: gi|192333617|gb|FK025434.1|FK025434
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EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTGTGGTGCCCTTAAA                         GGAGCTCTTGATGGGGGGTTG-ATATTCCTCACAGTGACAAGA
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EST: gi|208065041|gb|GD862999.1|GD862999
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EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
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EST: gi|208258333|gb|GE053296.1|GE053296
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208309843|gb|GE105119.1|GE105119
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193441041|gb|FK408700.1|FK408700
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|6665970|gb|AW277429.1|AW277429
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTNTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGA
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGA
EST: gi|193605093|gb|FK556407.1|FK556407
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|15662084|gb|BI699455.1|BI699455
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGG
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGG
EST: gi|208060460|gb|GD860008.1|GD860008
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193684206|gb|FK623470.1|FK623470
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|23729388|gb|BU762778.1|BU762778
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|17998752|gb|BI119562.1|BI119562
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGT-GGATATT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATT
EST: gi|208303911|gb|GE105658.1|GE105658
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|298183141|gb|HO028404.1|HO028404
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|151410521|gb|EV280336.1|EV280336
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208195621|gb|GD991256.1|GD991256
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCATAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|208230849|gb|GE034816.1|GE034816
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193317875|gb|FK283717.1|FK283717
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|207688499|gb|GD671690.1|GD671690
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|6849003|gb|AW351293.1|AW351293
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
EST: gi|193577967|gb|FK537033.1|FK537033
EST:     TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAG                         GGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT
genomic: TTGGTCTTATTAGGACTACAACCGGTAACCGTGTGTTTGGTGCCCTTAAGgtaatctatc ... ttgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT
       attttttttaatggtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaatctatcatgctgtaatgttaatcagtgtgattttttttaatggttgatcaaattgaataatctgtgattgtttacagGGAGCTCTGGATGGGGGGTTGGATATTCCTCACAGTGATAAGAGGTTTGCTGGGTTTGATAAGGAAAAGAAGGAGCTTGATGCTGAGGTTCATCGCAAAT

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