Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

atatccttgaaagtttttgtgtatacattatttaatatttttgtaattatttaaaacatttgggacatctttattatgtcaatccttaacatatatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G02180.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G02180.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv09s0002g04170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------------atatccttgaaa-gtttttgtgtatacattatttaatatttttgtaattatttaaaacatttgggacatctttattatgtcaatccttaacatatatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCACG
                       |    || ||  ||||  || || |||    |  | ||    ||     |||| |  ||||  |     ||  ||  |  ||||||||| |  |   |||||||||||||||||| ||||||| |||  | || ||||||||||| |||||||||
gttaagtacagtttgaccttaccacttgtggaatattttcatgaattcatggcattgtcttgccttatgctattaagAACTTTGACATGAAATTTCTACATGGATCCTTAACTTTGAC--TATACATGTTCATGGGCTATTCAATGCTTTGCTTGCACCTCTCTATGCTGGTTCCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162286164|gb|FC456612.1|FC456612
EST:     ACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATC                         ATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCA
genomic: ACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATCatatccttga ... tatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCA
EST: gi|254322525|gb|GR837939.1|GR837939
EST:     TTGGGAGTACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTAC-ACTACATC                         ATGTTCATGGGCTTTTCAAT
genomic: TTGGGAGTACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATCatatccttga ... tatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAAT
EST: gi|11687559|gb|BF595235.1|BF595235
EST:     TTGGGAGTACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATC                         ATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTC
genomic: TTGGGAGTACTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATCatatccttga ... tatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTC
EST: gi|17153356|gb|BM143289.1|BM143289
EST:     CTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATC                         ATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCA
genomic: CTCATCTGCTGACCAGTTTCTGCATTGTCTACCACTACATCatatccttga ... tatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttaaaacatttgggacatctttattatgtcaatccttaacatatatgatatacATGTTCATGGGCTTTTCAATGGTTTAATGGCCCCTCTCTATGCAGGTTCCACG
 atccttaac  putative branch site 
                                     ttaacatatatgatat  TA-rich tract