Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatatatttataagcacatattttatttgttaaagtagtttaacatactatggagttatgctaaagaagcaaatgaaccattttttttttctgcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGTTATTTTGTAAGGTATTGTAAGCAACATGGAGATGGGACTTGGGCTGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G46000.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208035973|gb|GD833006.1|GD833006
EST:     GCCGGGAACTACAATGGTGCCTTACAAGTG                         ATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGT
genomic: GCCGGGAACTACAATGGTGCCTTACAAGTGgtacatatat ... gcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGT
EST: gi|207837773|gb|GD813299.1|GD813299
EST:     AACTACAATGGTGCCTTACAAGTG                         ATGACAGCAGAACTACAACTACCTACGCCACTTGTGCCAACTCATGAGAGT
genomic: AACTACAATGGTGCCTTACAAGTGgtacatatat ... gcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGT
EST: gi|193410541|gb|FK379846.1|FK379846
EST:     GCCGGGAACTACAATTGGTTGTCCTTACAAGTG                         ATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGT
genomic: GCCGGGAACTACAA-TGG-TG-CCTTACAAGTGgtacatatat ... gcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatggagttatgctaaagaagcaaatgaaccattttttttttctgcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGTTATTTTGTAAGGTATTGTAAGCAACATGGAGATGGGACTTGGGCTGTTG
           tgctaaa  putative branch site (score: 2)
                              ccattttttttttctg  putative PPT
                            aaccatttttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacatatatttataagcacatattttatttgttaaagtagtttaacatactatggagttatgctaaagaagcaaatgaaccattttttttttctgcgcatatagATGACAGCAGAACTACAACTACCTACACCACTTGTGCCAACTCGTGAGAGTTATTTTGTAAGGTATTGTAAGCAACATGGAGATGGGACTTGGGCTGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT