1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aaacatattttaccctttatgttttatttgtttagtttgttatgcatttggattttgatcagaacgtttaaccaaagaattatgctattgactcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTGGAGTACAGGAGGGAGTGTGGCAGGAACAGTGTGCTAGATTCCCTCTCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G23560.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG AGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTGEST: gi|9985718|gb|BE659826.1|BE659826
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... actcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTG
EST: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG AGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTGEST: gi|151394670|gb|EV264541.1|EV264541
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... actcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTG
EST: ACGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG AGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCTATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... actcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTG
atttggattttgatcagaacgtttaaccaaagaattatgctattgactcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTGGAGTACAGGAGGGAGTGTGGCAGGAACAGTGTGCTAGATTCCCTCTCTG
tattgac putative branch site (score: 2)
ctcctgc CT-rich tract
aaagaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaacatattttaccctttatgttttatttgtttagtttgttatgcatttggattttgatcagaacgtttaaccaaagaattatgctattgactcctgcagAGTGCTCCGCAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTATGTGCCATGACATTGGAGTACAGGAGGGAGTGTGGCAGGAACAGTGTGCTAGATTCCCTCTCTG
- - - - - - cccttta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctattg