1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aactaacatcctcatcttttttttttgttgttatgataaaatgtgattatgggctgtatttcttattatctgctattttgcctttgtctggtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAATGATGATCAAATCCACTGGTTCTCTATTGTTAACTCATTAATGATTGTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G06460.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAG GAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAATEST: gi|193644269|gb|FK590350.1|FK590350
genomic: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAGgtgagtttat ... gtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAAT
EST: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAG GAGAGTGATGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCCTATTTGCTAATGAATEST: gi|207729844|gb|GD706396.1|GD706396
genomic: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAGgtgagtttat ... gtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAAT
EST: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAG GAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAATEST: gi|208123722|gb|GD922370.1|GD922370
genomic: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAGgtgagtttat ... gtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAAT
EST: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAG GAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAAT
genomic: AGGTTGAAGAGGGCAAGGAAATTATCTTCACATATGATGTTGAATTCCAGgtgagtttat ... gtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAAT
attatgggctgtatttcttattatctgctattttgcctttgtctggtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAATGATGATCAAATCCACTGGTTCTCTATTGTTAACTCATTAATGATTGTTC
taccttc CT-rich tract
tgtatttcttattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactaacatcctcatcttttttttttgttgttatgataaaatgtgattatgggctgtatttcttattatctgctattttgcctttgtctggtaccttcagGAGAGTGACGTGAAGTGGGCTTCAAGATGGGATGCTTATTTGCTAATGAATGATGATCAAATCCACTGGTTCTCTATTGTTAACTCATTAATGATTGTTC
- - - catcctc
- - - - - - - - - - - - - - tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgcta