1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atctaatggtccatgtcatggttatccaagctttccacttcagcattgtcttatttgttttcttgagcaacattacatgtgtcttctcactaattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTTCCACCTCCTCATCAGGATGGAGCTGTTGGATATCCGCTGGATGATTCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G38410.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCCATTCCAGGCCCTGAAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGAT AGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTTEST: gi|13787593|gb|BG650185.1|BG650185
genomic: TGGCCATTCCAGGCCCTGAAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGATgtatgccaga ... taattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTT
EST: TGGCCATTCCAGGCCCTGAAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGAT AGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTTEST: gi|207806823|gb|GD778404.1|GD778404
genomic: TGGCCATTCCAGGCCCTGAAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGATgtatgccaga ... taattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTT
EST: AAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGAT AGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTT
genomic: AAGCCAATGTAGAGATCCAAAATAACGTAGATgtatgccaga ... taattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTT
ttgtcttatttgttttcttgagcaacattacatgtgtcttctcactaattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTTCCACCTCCTCATCAGGATGGAGCTGTTGGATATCCGCTGGATGATTCAA
cactaat putative branch site (score: 2)
tcttctcact CT-rich tract
ttatttgttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atctaatggtccatgtcatggttatccaagctttccacttcagcattgtcttatttgttttcttgagcaacattacatgtgtcttctcactaattttcagAGGTGGAGAGTTGTGACCCATGCAAATGCAAAAAGTAAGAGTGAGAAATTTCCACCTCCTCATCAGGATGGAGCTGTTGGATATCCGCTGGATGATTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA