1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cctacagcagtgctcctattctttagtcaatgatttctaactcctttttggccaaaaactcgaagctagttctgttgcattcttaactgttattttccagACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGGGCAGGCTGCTAATGACCCTCAGCAAGAGAGGGGCTCGGGAGTTGCTTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G35990.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
EST: CATTTTGAAGACTCCAATGTGGGT ACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGGEST: gi|4260447|gb|AI416943.1|AI416943
genomic: CATTTTGAAGACTCCAATGTGGGTgtatccttct ... tattttccagACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGG
EST: GTGGAAAGAACATTTTGAAGACTCCAATGTGGGT ACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGG
genomic: GTGGAAAGAACATTTTGAAGACTCCAATGTGGGTgtatccttct ... tattttccagACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGG
ttttggccaaaaactcgaagctagttctgttgcattcttaactgttattttccagACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGGGCAGGCTGCTAATGACCCTCAGCAAGAGAGGGGCTCGGGAGTTGCTTTC
attcttaac putative branch site
ttattttcc putative PPT
ttaactgttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctacagcagtgctcctattctttagtcaatgatttctaactcctttttggccaaaaactcgaagctagttctgttgcattcttaactgttattttccagACATAAATTGGTAGCAAGATGGATAATTGGAGTGCAACCAATTAGCCGTGGGCAGGCTGCTAATGACCCTCAGCAAGAGAGGGGCTCGGGAGTTGCTTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - tgctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattct