1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagttagaaacttagaattcatcaacctatatatgtaaatatacatcatcccacaaagtatatagcatataattaatacattttaaaatagaattaggaatcatgcaagaccaaaacattgctataagatacaactgatattgtgatatcgaaaattgatgggtataaatgactttatctgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAAGAGATGGGATATGGCAGGCATCCAGCTCAAACTCATGGTGAAGCCCTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G28140.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAAEST: gi|6455734|gb|AW186417.1|AW186417
genomic: AACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAA
EST: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATTCCGGAGTTGAAEST: gi|208215896|gb|GE014614.1|GE014614
genomic: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAA
EST: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGTTGGAAAGGGTAATCAAAATAAATCCACTCCAEST: gi|207822175|gb|GD793536.1|GD793536
genomic: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAA-GGGTA-TCAAA-TAAATCCACTCCA
EST: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAAEST: gi|207777183|gb|GD748278.1|GD748278
genomic: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAA
EST: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGCTGGAAGGEST: gi|208314542|gb|GE113878.1|GE113878
genomic: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAAGG
EST: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGG CAGTTGGAAGGGTATACAAAATAAATCCACTCCA
genomic: GAACACTTGCTAAGTGAGGCTAACAGGTCTCTCAGACAAAGGgtaagttaga ... tgatttgtagCAGTTGGAAGGGTAT-CAAA-TAAATCCACTCCA
ctgatattgtgatatcgaaaattgatgggtataaatgactttatctgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAAGAGATGGGATATGGCAGGCATCCAGCTCAAACTCATGGTGAAGCCCTCT
ctttatct CT-rich tract
tataaatgactttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttagaaacttagaattcatcaacctatatatgtaaatatacatcatcccacaaagtatatagcatataattaatacattttaaaatagaattaggaatcatgcaagaccaaaacattgctataagatacaactgatattgtgatatcgaaaattgatgggtataaatgactttatctgatttgtagCAGTTGGAAGGGTATCAAATAAATCCACTCCAACTGAATCCCGGAGTTGAAGAGATGGGATATGGCAGGCATCCAGCTCAAACTCATGGTGAAGCCCTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC