1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtagtactgtttctatagttaacacatttttccttattcatatatttttttagtttttcatttagctcttttagatttaatctgcagacatttcttgaccattattacttcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATGGAGCTTTGTCAAGAGGAGATGGGGCTATATATTTGCGTTTCCCTCACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G26250.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACNNNTCTAGCTCAATCGCAGAA AAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATEST: gi|9440046|gb|BE440557.1|BE440557
genomic: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAAgtagtactgt ... tcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATAT
EST: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAA AAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATEST: gi|22523485|gb|BU082296.1|BU082296
genomic: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAAgtagtactgt ... tcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATAT
EST: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAA AAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATEST: gi|254318154|gb|GR832322.1|GR832322
genomic: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAAgtagtactgt ... tcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATAT
EST: C-TTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAA AAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATAT
genomic: CTTTTGAAGCAGCACACTCCTTGCATGACTTATCTAGCTCAATCGCAGAAgtagtactgt ... tcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATAT
gctcttttagatttaatctgcagacatttcttgaccattattacttcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATGGAGCTTTGTCAAGAGGAGATGGGGCTATATATTTGCGTTTCCCTCACA
tcttgac putative branch site (score: 3)
ttacttc putative PPT
tttagatttaatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtactgtttctatagttaacacatttttccttattcatatatttttttagtttttcatttagctcttttagatttaatctgcagacatttcttgaccattattacttcatgaacagAAACTTGGTGTCAAAGCACCACCAGTCAGAATTGATAGCCAAGCAAAATATGGAGCTTTGTCAAGAGGAGATGGGGCTATATATTTGCGTTTCCCTCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG