Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgatctttatgctatctcctgtgagtgcaagttcatcttgacttcgggaattggtcttcaatcctgttttgtcctgtgttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAATTAAAAAAGATGCACAGGTGTTGCCTCGTATAGGTGCTCTGAGAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G03970.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G03970.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0019g05000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-----------gtatgtgatctttatgctatctcctgtgagtgcaagttcatctt-----gacttcgggaattggtcttcaatcctgttttgtcctgtgttcttgt------agGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAATTAAAAAAGATGCACAGGTGTTGCCTCGTATAGGTGCTCTGAGAGAG
            |   |  | |||   | || |  |||   |   | |||||||         |||    | |  ||||   |  | |||| |  | |||  || |      || |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||      | || |  |||||||  ||||| ||||| |||||||| || ||||||
gtatgttaagtatccatattttttccccaatttggtgttcctatgatttcatctcctagaagtttcaactaattttcttatgttttttttttttttttgtatttttcatttcagAGCCTTTGTTTTCTTCAGTTCACCAATTTCGAGAGAATTGGTTAATCTCGTCAAGAGGGATGCACTTGTGTTACCTCGCATAGGTGCACTTAGAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193417180|gb|FK384608.1|FK384608
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTT-AGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|193421450|gb|FK389623.1|FK389623
EST:     TTATTATGTTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: TTATTATGTTTTT-GTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|193343817|gb|FK311521.1|FK311521
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|193345000|gb|FK311626.1|FK311626
EST:     TTATTATGTTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: TTATTATGTTTTT-GTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|254316932|gb|GR828469.1|GR828469
EST:     TGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: TGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|193421324|gb|FK388671.1|FK388671
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAG
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAG
EST: gi|193405470|gb|FK372105.1|FK372105
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTC
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTC
EST: gi|193349521|gb|FK318639.1|FK318639
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAA
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAA-
EST: gi|193435828|gb|FK399432.1|FK399432
EST:     TTATTATGTTTTTGTTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTC
genomic: TTATTATGTTTTTGT-CCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGG-CCTTTGTTTTCTTTAGTTC
EST: gi|207841781|gb|GD815849.1|GD815849
EST:     CCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAA
genomic: CCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTA-TTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAA
EST: gi|193349384|gb|FK314106.1|FK314106
EST:     ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: ATTATTATGTTTTTGTCCGACATGTCTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
EST: gi|207840081|gb|GD811268.1|GD811268
EST:     CGACATGTCTTGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAA                         GGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT
genomic: CGACATGTC-TGGAAGGAAACCCTTGTACAGGAAgtatgtgatc ... gttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatcttgacttcgggaattggtcttcaatcctgttttgtcctgtgttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAATTAAAAAAGATGCACAGGTGTTGCCTCGTATAGGTGCTCTGAGAGAG
   tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                            tgttctt  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgatctttatgctatctcctgtgagtgcaagttcatcttgacttcgggaattggtcttcaatcctgttttgtcctgtgttcttgtagGGCCTTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATTGCCAGAGAATTGGTTATGGAAATTAAAAAAGATGCACAGGTGTTGCCTCGTATAGGTGCTCTGAGAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG