Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatacacatactgtacatgctgtggaaagaatgcctgcctgccttaactgtgttttgcatgttgacacttgacaatcatgagacttgctatatgtgtgctaaagttgattttggcaatggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G02740.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G02740.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os12g27520.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtatatacacatactgtacatgctgtggaaagaatgcctgcctgccttaactgtgttttgcatgttgacacttgacaatcatgagacttgctatatgtgtgctaaagttgattttggcaatggtgt-tttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA
                                           |  ||     ||  | |  ||   |  |||  |  |||      ||    | | |||  ||   |||   | |    || | | || ||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||| 
-------------------------------------------gtatttgtcttgcctag--tgcaaagccttccctgtcagcgtgattatggtttatgt-ttacgattggaatggctgttgttctgttcagGACTTGGATGGAGTTACCCCTGTGATATATGGAGTGTTGGTTGTATACTGGTTGAGCTATGCACG

upper sequence: GLYMA05G02740.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv17s0000g09500.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
--------------------------------------gtatatacacatactgtaca--tgctgtggaaagaatgcctgcctgccttaactgtgttttgcatgttgacacttgacaatcatgagacttgctatatgtgtgctaaagttgattttggcaatggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA
                                       |   |    ||  ||| |      | |   ||    |   ||| |     |   |  |||  |||   |     |||||   ||    | | |   ||  || | ||   | ||||    ||| |  | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| 
gtatgccatcaaatatctgccattgtttttctgttgtcatgagtcagtatggtgttctaccattctttcaaattagttggccagatcacaggtttcttttaatgcccaaggaagacaa--gtggatatagttccttgc-tgatgaatacgctttttttcatgtttatgtagGGCTTGGATGGAGTTATCCATGTGATATATGGAGTGTTGGATGTATCTTGGTGGAGTTATGCACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21994008|gb|BQ785536.1|BQ785536
EST:     GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGNGATGTATATTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatacac ... ggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGG
EST: gi|208116354|gb|GD920377.1|GD920377
EST:     GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATC
genomic: GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatacac ... ggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATC
EST: gi|58016463|gb|CX703205.1|CX703205
EST:     GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTG                         GACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGG
genomic: GAACTACATTGTATCAACTCGTCATTATAGGGCTCCTGAAGTTATCCTTGgtatatacac ... ggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcatgagacttgctatatgtgtgctaaagttgattttggcaatggtgttttagGACTTGGCTGGAGCTATCCATGTGATATATGGAGTGTGGGATGTATATTGGTTGAATTATGCACA
                               ttgatttt  TA-rich tract