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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctttgtcaagatgggacatctctttttgagaactaaattatggttactctcaacgtctaaatcagtttccaatttcaaatctttatccaattttgtacagGACTGTTGTTTACAAAGGTCAGTTAACACCAGCTCAGTTGAAGGATTACTATTTTGCAGACCTTGGCAATGAAAGGTTTACGAGCTACATGGCCCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41540.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G41540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtgc-tttgtcaagatgggacatc--tctttttgagaactaaattatggttactctcaacgtctaaatcagtttccaatttcaaatctttatccaattttgtacagGACTGTTGTTTACAAAGGTCAGTTAACACCAGCTCAGTTGAAGGATTACTATTTTGCAGACCTTGGCAATGAAAGGTTTACGAGCTACATGGCCCTG
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gtctatttctcagaaagctgcattgttctctttaaaaagtattgtatcttgattaattgcatttctatcaccactttttttcacatctttgcctggttttt--cagGACTGTTGTTTACAAAGGGCAGTTAAAGCCTGATCAAGTGAAGGGATACTACTATGCAGATCTTGGCAATGAAAGGTTTACGAGCTACATGGCCCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actctcaacgtctaaatcagtttccaatttcaaatctttatccaattttgtacagGACTGTTGTTTACAAAGGTCAGTTAACACCAGCTCAGTTGAAGGATTACTATTTTGCAGACCTTGGCAATGAAAGGTTTACGAGCTACATGGCCCTG
         gtctaaa  putative branch site (score: 3)
                         aatttcaaatctttat  TA-rich tract