Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttagtttagtcctgttaactaattaaggttattctttgctgctcaaagactctcattgctttgtattgtagtattatttttttttacctttgtgaatgtctcccccaaattagGTGCGCTGCGATGGATGCAAAGTGTGGGTGCATGCAGAATGTGACAAAATTTGTAGCAACCTTTTCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41500.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
--gtaagttagtttagtcctgttaactaattaaggttattctttgctgctcaaagactctcattgctttgtattgtagtattatttttttttacctttgtgaatgtctcccccaaattagGTGCGCTGCGATGGATGCAAAGTGTGGGTGCATGCAGAATGTGACAAAATTTGTAGCAACCTTTTCAAG
  |  |||  |   | |||   ||    |||  | ||||| ||| ||| | | ||       ||   |  | ||||   |||| | | || |       || ||  |  |    ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||  || || |||||||||
gtgggagtctgac-aatccaactaga-gattgcgattatttttt-ctgtttagag-------ttagctaatgttgtctaattaatctattgt-------tggattccaacaatgaatcagGTGCGCTGTGATGGTTGCAAAGTTTGGGTGCATGCAGAGTGTGGTAAAATTTCCAGTAAACTTTTCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgtattgtagtattatttttttttacctttgtgaatgtctcccccaaattagGTGCGCTGCGATGGATGCAAAGTGTGGGTGCATGCAGAATGTGACAAAATTTGTAGCAACCTTTTCAAG
                                      tgtctccccc  CT-rich tract
     tattgtagtattattt  TA-rich tract