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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgacctttccaatttattgacactgagtaactggtgcattcatgcaatttagctgattatatatttatatgtcaagttaccttaactttgcgtgcctagACTTGAACATCGATCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTCAATGAGTTCTGGTTACTCAGGGATAAGCTGATACCTTTAAACGAGACAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G38120.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7685928|gb|AW756576.1|AW756576
EST:     GTACCCAAAAACAGGTGGAGCACCAAACATTGCTCCAT                         ACTTGAACAT-GAATCCTATTACTGGGAACTACTATGCAATTGTTTATTTG
genomic: GTACCCAAAAACAGGTGTAGCACCAAACATTGCTCCATgtatccttgt ... gcgtgcctagACTTGAACATCGA-TCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTC
EST: gi|14258898|gb|BG881806.1|BG881806
EST:     GTACCCAAAAACAGGTGTAGCACCAAACATTGCTCCAT                         ACTTGAACATCGATCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTCA
genomic: GTACCCAAAAACAGGTGTAGCACCAAACATTGCTCCATgtatccttgt ... gcgtgcctagACTTGAACATCGATCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatttagctgattatatatttatatgtcaagttaccttaactttgcgtgcctagACTTGAACATCGATCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTCAATGAGTTCTGGTTACTCAGGGATAAGCTGATACCTTTAAACGAGACAGT
                                 taccttaac  putative branch site 
 attatatatttatatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ttgacctttccaatttattgacactgagtaactggtgcattcatgcaatttagctgattatatatttatatgtcaagttaccttaactttgcgtgcctagACTTGAACATCGATCCTTTTACTGGGAACTACTATCCAATTGTTTATTTCAATGAGTTCTGGTTACTCAGGGATAAGCTGATACCTTTAAACGAGACAGT

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- - cctttcc
- - - - - - - - - tgacact
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