Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttaaactttctatttaactatcacctataactcttctgccaaatttcgttgacaaatttccttgttatacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37030.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
------------------------------------------gttagttaaactttctatttaactatcacctataactcttctgccaaatttcgttga-caaatttccttgttatacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC
                                           ||||| |||      |   ||  |  |  | |  || | ||   | |     |  | |  ||     | || |   ||  || |||   |  ||  |||| ||||| |||||  | ||  | ||  |  || | || || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
gtacgtatctatttcaagatatcatcattgccctacttctcttttagtcaaagcccaaaccaaa--actagatcttgctttactattataaccactcaatcttatggttctttttttgttaacagATACAAATTCGATATGTCGGTTGAAGAAGCCTCAGAGTTAGCAAGGAGATCCATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGC

upper sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
--------------------------------gttagttaaactttctat--ttaactatcacc-tataactcttct-gccaaatttcgttgacaaatttcc---ttgttatacat-actagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC
                                 || ||   | | || |    |||  | ||   | |||   |  | |  ||    |  |  || ||||     ||    | ||| |  ||||||   |||||  |||||||||| |||||| | ||  | ||  |  || |||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
gtaagtcatttcccaaacaacatcttcatcgcttttgtcccaatctcaaaggctaaaaaccaaaatctaatgatgttagttaagcaaccgtttcatatttatgattttacttgcatcatcagGTACAAATATGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC

upper sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
-------------------------gttagttaaactttctatttaactatcacctataactcttctgccaaatttcgttgacaaatttccttgttatacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC
                         ||    | |   |||| ||    ||   | ||| | |||| |     ||||   |      | |  |||| |  |||   || ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||
gtgtttttgcatggtcagatctcatgtattctgagtgttctgttct-ttaaatcatattattcttatatgttatttttct------tgttgttgtcactcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254321270|gb|GR824587.1|GR824587
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|58021915|gb|CX708656.1|CX708656
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|9204011|gb|BE330235.1|BE330235
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|8827022|gb|BE210752.1|BE210752
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|6667609|gb|AW279060.1|AW279060
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254338527|gb|GR849945.1|GR849945
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254338528|gb|GR849946.1|GR849946
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|214009174|gb|DB989890.1|DB989890
EST:     CATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: CATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254321271|gb|GR824588.1|GR824588
EST:     ATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: ATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192322800|gb|FK014491.1|FK014491
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATGGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254322198|gb|GR837612.1|GR837612
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|254322199|gb|GR837613.1|GR837613
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192319717|gb|FK013759.1|FK013759
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGTTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|10255040|gb|BE822806.1|BE822806
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|151410487|gb|EV280302.1|EV280302
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192319718|gb|FK013760.1|FK013760
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGTTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|17998750|gb|BI119560.1|BI119560
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|192333183|gb|FK026512.1|FK026512
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
EST: gi|58014664|gb|CX701406.1|CX701406
EST:     TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGG                         GTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC
genomic: TTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaa ... tacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acctataactcttctgccaaatttcgttgacaaatttccttgttatacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC
                                          ttatacata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagttaaactttctatttaactatcacctataactcttctgccaaatttcgttgacaaatttccttgttatacatactagGTACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG