Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagaatgccatgccacactctcaagatcatattttgcattatgaattgtttatactacagtagtgttgtattttataataatgtaatatgtatctatgatttgttttagATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAATTGCAGACCGTGACACACTTGGTTCTCATTTTATTATCACTTTGAAAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G07300.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394687|gb|EV264558.1|EV264558
EST:     GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAG                         ATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA
genomic: GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAGgttagaatgc ... tttgttttagATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA
EST: gi|298174857|gb|HO014774.1|HO014774
EST:     GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAG                         ATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA
genomic: GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAGgttagaatgc ... tttgttttagATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA
EST: gi|192310933|gb|FG998909.1|FG998909
EST:     GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAG                         ATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA
genomic: GAACTGCTGGAGAAAGCATATATGGTTCGAAGTTCCCAGgttagaatgc ... tttgttttagATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctacagtagtgttgtattttataataatgtaatatgtatctatgatttgttttagATGAGTCACCTAAGCTAAAGCATGATGCTACCGGACTTTTATCAATGGCAATTGCAGACCGTGACACACTTGGTTCTCATTTTATTATCACTTTGAAAGC
                                             tttgtttt  CT-rich tract
              tattttataataatgt  TA-rich tract