1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tcattgtgcaatgcccatgctgtcatgtcttatatagtttaaaatgtaactctataagtgttaattttatttaattttcatctcttctatttttttgcagTGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTCCATATCTTTTTGATAGGAATCCTGAAGCAAAGGATTTGTCACCTTATCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G06310.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTCCTTGTTATGACCCTTCACGATCCAATTTTGATGGTGCTTTTGCTG TGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTCEST: gi|51337820|gb|CO981686.1|CO981686
genomic: AGCTCCTTGTTATGACCCTTCACGATCCAATTTTGATGGTGCTTTTGCTGgtatttcttt ... ttttttgcagTGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTC
EST: AGCTCCTTGTTATGACCCTTCACGATCCAATTTTGATGGTGCTTTTGCTG TGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTC
genomic: AGCTCCTTGTTATGACCCTTCACGATCCAATTTTGATGGTGCTTTTGCTGgtatttcttt ... ttttttgcagTGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTC
gtaactctataagtgttaattttatttaattttcatctcttctatttttttgcagTGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTCCATATCTTTTTGATAGGAATCCTGAAGCAAAGGATTTGTCACCTTATCC
tttaattttcatctct CT-rich tract
tgttaattttatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcattgtgcaatgcccatgctgtcatgtcttatatagtttaaaatgtaactctataagtgttaattttatttaattttcatctcttctatttttttgcagTGAATCCCCGAAATCCTCAGACAGAATCTTTTGTGCGGCTTCTGGAACTTCCATATCTTTTTGATAGGAATCCTGAAGCAAAGGATTTGTCACCTTATCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - -gcaatgc
- - - - - - - ccatgct
- - - - - - - - - - - tcatgtc