Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgctatcattgagtaagtttgtatcacgaattcctctcactggccaatccctgcatattgaaacttgtcataatgaaagtccacttatttgtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATACTATGTGTTAAATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G00920.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192301598|gb|FG994782.1|FG994782
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|209728695|gb|BW655402.1|BW655402
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|208315309|gb|GE113133.1|GE113133
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|151407227|gb|EV277042.1|EV277042
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|151394787|gb|EV264658.1|EV264658
EST:     AAGTACACCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATGC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|13251953|gb|BG362856.1|BG362856
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|58021619|gb|CX708360.1|CX708360
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|298183643|gb|HO028856.1|HO028856
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|193364463|gb|FK333504.1|FK333504
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTC-AACTATCC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCC
EST: gi|151401464|gb|EV271278.1|EV271278
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTACGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAA-TATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|298184687|gb|HO029900.1|HO029900
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|193434756|gb|FK403736.1|FK403736
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTACAAAATATA
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATT-CAAAATATA
EST: gi|151403993|gb|EV273803.1|EV273803
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATA
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGG-ACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATA
EST: gi|56173100|gb|CV997226.1|CV997226
EST:     ACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: ACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|12688305|gb|BG154641.1|BG154641
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|37995436|gb|CF807025.1|CF807025
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|207830162|gb|GD804570.1|GD804570
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
EST: gi|151399348|gb|EV269219.1|EV269219
EST:     AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAG                         GAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC
genomic: AAGTACATCTTATCTATGCCAATGTTACGTATGAGGACATTCTTTTGAAGgtaattaaca ... gtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatccctgcatattgaaacttgtcataatgaaagtccacttatttgtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATACTATGTGTTAAATCAG
                                       ttatttgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgctatcattgagtaagtttgtatcacgaattcctctcactggccaatccctgcatattgaaacttgtcataatgaaagtccacttatttgtatgtacagGAAGAGCTGGACGGTCTTGCTTCTAACTATCCAGATCGATTCAAAATATACTATGTGTTAAATCAG

tgctatc
- - - - - - - - - - - - - - - -tcctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctggcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccactta