Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccactttttttcatttgcatcccatccaaatgtattgtgtaataacagagatattgtgattgaatctcatccaatgttttttcttctgtggtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAGTTGCTGCTTTTAGAGGCATTGGTGCCCATTCAAAACATTTAGTGTTTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G17430.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193342940|gb|FK306164.1|FK306164
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208223506|gb|GE025227.1|GE025227
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208093502|gb|GD896461.1|GD896461
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGTGGTAGAGGTTGATTTGGGAGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193642696|gb|FK594122.1|FK594122
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAAGGTTGATTTGGGTGC
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGA-GGTTGATTTGGGTGC
EST: gi|208063108|gb|GD861010.1|GD861010
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207704761|gb|GD685142.1|GD685142
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208288144|gb|GE083079.1|GE083079
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207840192|gb|GD813087.1|GD813087
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGTGGTAGAGGTTGATTTGGGAGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193719270|gb|FK650020.1|FK650020
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGC
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGC
EST: gi|208162866|gb|GD960616.1|GD960616
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208320918|gb|GE119055.1|GE119055
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|254324586|gb|GR834011.1|GR834011
EST:     AGGAGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GTGCAGGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGGTGCTGATATGGAACTACAGAT
genomic: AGGAGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagG-GC-G----AGGTAGAGGTTGATTTGGG-TGCTGATATGGAACTACAGAT
EST: gi|208159437|gb|GD953856.1|GD953856
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193718247|gb|FK653055.1|FK653055
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208291471|gb|GE094609.1|GE094609
EST:     AGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: AGGACGAGGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193679739|gb|FK623925.1|FK623925
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208173745|gb|GD967202.1|GD967202
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193576037|gb|FK532182.1|FK532182
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193561236|gb|FK520259.1|FK520259
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207712095|gb|GD694231.1|GD694231
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193300756|gb|FK268497.1|FK268497
EST:     TGGTCCAGGTGGAAAACTCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: TGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208084841|gb|GD881067.1|GD881067
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208039699|gb|GD838469.1|GD838469
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207840439|gb|GD812186.1|GD812186
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTTGGTAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGG-AAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193639263|gb|FK586484.1|FK586484
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGACATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208279509|gb|GE080884.1|GE080884
EST:     GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193678506|gb|FK618882.1|FK618882
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193684791|gb|FK623183.1|FK623183
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193695869|gb|FK640543.1|FK640543
EST:     GGCCGGGGTGGTCCA-GTGG-AAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207717684|gb|GD698654.1|GD698654
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208335846|gb|GE134687.1|GE134687
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|193389881|gb|FK353646.1|FK353646
EST:     TCCAGGTGGAAGACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: TCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208029802|gb|GD829716.1|GD829716
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207836341|gb|GD807010.1|GD807010
EST:     GGCCGGGGCGGTCCAGGTTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207731981|gb|GD706642.1|GD706642
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTTGGTAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGTGGTAGAGGTTGATTTGGGAGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGG-TGG-AAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|208255170|gb|GE053145.1|GE053145
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG
EST: gi|207689394|gb|GD671339.1|GD671339
EST:     GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAG                         GGCGAGGTAGGGGTTGATTTGGGTGCTGATACGGAACTACAGATGGGCCAG
genomic: GGCCGGGGTGGTCCAGGTGGAAAACCCAGTGGAAACAGAGgtaaatcatt ... gtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagagatattgtgattgaatctcatccaatgttttttcttctgtggtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAGTTGCTGCTTTTAGAGGCATTGGTGCCCATTCAAAACATTTAGTGTTTGT
                           aatgtttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccactttttttcatttgcatcccatccaaatgtattgtgtaataacagagatattgtgattgaatctcatccaatgttttttcttctgtggtaggtgcagGGCGAGGTAGAGGTTGATTTGGGTGCTGATATGGAACTACAGATGGGCCAGTTGCTGCTTTTAGAGGCATTGGTGCCCATTCAAAACATTTAGTGTTTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - -catttgc
- - - - - - - - - - cccatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatcca