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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctgttatgccctaaaaaatgagcacctatctgcaattttactttctattttcttgttattttatttaatgttaggtagcattttgaaggctttcatggcatgatgcttgattaatgtgcagGTGATCGAGTAAAATTTATTGGTAGCTTTCCTTCGGCTGTCTCATCACTACCAAATTATATTTCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G17400.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5753099|gb|AI960386.1|AI960386
EST:     ACCCATGCTAATTTCTAGTGCATCATCGAAAGGCGCTACTCTTAGAAAGG                         GTGATCGAGTAAAATTTATTGGTAGCTTTCCTTCGTCTGTCTCATCACTAC
genomic: ACCCATGCTAATTTCTAGTGCATCATCGAAAGGCGCTACTCTTAGAAAGGgtattctgtt ... taatgtgcagGTGATCGAGTAAAATTTATTGGTAGCTTTCCTTCGGCTGTCTCATCACTAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgttaggtagcattttgaaggctttcatggcatgatgcttgattaatgtgcagGTGATCGAGTAAAATTTATTGGTAGCTTTCCTTCGGCTGTCTCATCACTACCAAATTATATTTCAAG
                                          gattaat  putative branch site (score: 3)
                                        ttgattaat  TA-rich tract