1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...atttcactcttttgcttagtagctgtcaatagttcaacccaagcaaatttgcatcttaaatttccacaaattcgatcctaaaaatttagttcatctgcagATGCATACTATACTAGATGAGATCATTCTCGGAGGCCAGGTGTTGGAGACAAGTTCAAACGAGGTTATGAAGGCTATTGAAGAAATATCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G06350.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aatttgcatcttaaatttccacaaattcgatcctaaaaatttagttcatctgcagATGCATACTATACTAGATGAGATCATTCTCGGAGGCCAGGTGTTGGAGACAAGTTCAAACGAGGTTATGAAGGCTATTGAAGAAATATCAAG
tcctaaa putative branch site (score: 2)
ttcatct putative PPT
taaaaatttagttcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttcactcttttgcttagtagctgtcaatagttcaacccaagcaaatttgcatcttaaatttccacaaattcgatcctaaaaatttagttcatctgcagATGCATACTATACTAGATGAGATCATTCTCGGAGGCCAGGTGTTGGAGACAAGTTCAAACGAGGTTATGAAGGCTATTGAAGAAATATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - cttttgc
- - - - - - - - - - -gctgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctaaaaa