Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acttgactgctgcatgtgaagctacaaaaatctaccattattagcatgtgcttgtaagtggacaaatttgattattaaccatgttttgacatatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G05350.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G05350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g01850.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--------------------acttgactgctgcatgtgaagctacaaaaatctaccattattagcatgtgcttgtaagtggacaaatt--tgattattaac--catgttttgacatatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG
                      ||     ||  |||    | | |||||   ||  |||  ||   | |   |  || ||      ||  |  || | |||   |||| |  ||   | || ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || || || |||||||||
gtaccaatgttgcatcattagttttcagactttatgctt-gtttcaaaatcttaaaattcatactttatttctccaaatgatttttttctttgttttaaacaatatgtgtgaactcttgtgcagTTCAATGGTCTGGCTTGGCTCTTCTTGGGAGTCCCAACTAGCAGTTCTTTACTCTACAAGGAG

upper sequence: GLYMA02G05350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
acttgactgctgcatgtgaagctacaaaaatctaccattattagcatgtgcttgtaagtggacaaatttgattattaaccatgttttgacatatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG
  |  |   |   | |  ||    | | |  ||    ||   |   | | |   | | |  ||  | |     ||| |   ||      ||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||
-gtcaa--accaaaagcaaactctctagacactgttgttgccaat-tataccactgacta-acttactcaccaattgaatttgcca-atcatatgtgcagTTCAATGGTTTGGCGTGGCTTTTCTTGGGTGTACCCACAAGCAGCTCACTGCTATACAAGGAG

upper sequence: GLYMA02G05350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0023g03510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
----acttgactgctgcatgtgaagctacaaaaatctaccattat-tagcatgtgcttgtaagtggacaaatttgattattaaccatgttttgacatatat-gtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG
    |  |   || || |||| |   |  |   |   |  | ||    |  | |   ||||  | | | | | ||||| ||||||   ||||||||| | | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| | || || ||||||
gattaactttttgttggatgtca--tttgagggacagagtagtagactggttatatatgtagatagtccagtgtgatt-ttaacc---ttttgacatgtcttgcagTTCAATGGTTTGGCCTGGCTCTTCTTGGGTGTTCCCACAAGCAGCTCACTACTCTATAAGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7796286|gb|AW781683.1|AW781683
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGNGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|120496376|gb|EH224543.1|EH224543
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|209705755|gb|BW661423.1|BW661423
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|214009398|gb|DB989946.1|DB989946
EST:     GAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCCTT-TGGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATT
genomic: GAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCT-CTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATT
EST: gi|209715568|gb|BW657361.1|BW657361
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTCTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|209727186|gb|BW655224.1|BW655224
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|214005299|gb|DB985141.1|DB985141
EST:     GAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGTATGGCCTTAGTTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: GAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|10252920|gb|BE820686.1|BE820686
EST:     GAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: GAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|213604735|gb|DB956090.1|DB956090
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|209714665|gb|BW671574.1|BW671574
EST:     GAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: GAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|120496519|gb|EH224686.1|EH224686
EST:     TCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCGCGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|209709564|gb|BW661891.1|BW661891
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|11413683|gb|BF425694.1|BF425694
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|7028474|gb|AW458257.1|AW458257
EST:     GAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: GAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|5058465|gb|AI736876.1|AI736876
EST:     TTCGCTCATTNTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|13562564|gb|BG550784.1|BG550784
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|9900098|gb|BE609066.1|BE609066
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|31463350|gb|CD405378.1|CD405378
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|209714818|gb|BW657360.1|BW657360
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGT
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGT
EST: gi|22522637|gb|BU081448.1|BU081448
EST:     TTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: gi|120533554|gb|EH261687.1|EH261687
EST:     TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAG                         TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTTCCTACAAGCAGCTCAATT
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAGCACGAAGATTACAAGgtaagtgttc ... atatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCA-TT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgcttgtaagtggacaaatttgattattaaccatgttttgacatatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG
                acaaatttgattatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acttgactgctgcatgtgaagctacaaaaatctaccattattagcatgtgcttgtaagtggacaaatttgattattaaccatgttttgacatatatgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTCTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTTTACAAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- -tgactgc
- - - - - tgcatgt
- - - - - - - - - - - -acaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - tctacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgtt