Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttgcttatgtttggcttgtgctgttttgtatttttgctataatggatgctgcattgtaaaatcctgacagttcgtggggtgtgatttctcattacttttttcctttatctgcagGTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G01920.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16279870|gb|BI943659.1|BI943659
EST:     ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAA                         GTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG
genomic: ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAAgtaagcttgc ... ttatctgcagGTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG
EST: gi|192322683|gb|FK015020.1|FK015020
EST:     ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAA                         GTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG
genomic: ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAAgtaagcttgc ... ttatctgcagGTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG
EST: gi|209717303|gb|BW659018.1|BW659018
EST:     ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAA                         GTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATC
genomic: ATGCAACACCTTTGACTCTTGGACAAGAGTTTAGTGGGTATACTACACAAgtaagcttgc ... ttatctgcagGTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcctgacagttcgtggggtgtgatttctcattacttttttcctttatctgcagGTGAAGTATGGTATTGATAGAGTAATTGGCACTTTGCCGCACATGTATCAG
  tcctgac  putative branch site (score: 2)
                         tttctcattacttttt  putative PPT
                               attactttttt  TA-rich tract