1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...attagtagctcctccttgtattattcagaatcaaaatctgggtatggatggatgtgattgacaaaagtgatatttactgaaggaatatatcttttaacagGTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATGGACTGTGTTTTCTGACATTGAAACAAGAGGGTGCAGTAAAGAGGATCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G00550.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACTTAAGCTTGTATATGACAGAGGCCTCATAGGGTCTATCCATGACTG GTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATGEST: gi|20811343|gb|BQ295821.1|BQ295821
genomic: ACACTTAAGCTTGTATATGACAGAGGCCTCATAGGGTCTATCCATGACTGgtattaaaac ... cttttaacagGTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATG
EST: ACACTTAAGCTTGTATATGACAGAGGCCTCATAGGGTCTATCCATGACTG GTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATG
genomic: ACACTTAAGCTTGTATATGACAGAGGCCTCATAGGGTCTATCCATGACTGgtattaaaac ... cttttaacagGTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATG
ggatggatgtgattgacaaaagtgatatttactgaaggaatatatcttttaacagGTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATGGACTGTGTTTTCTGACATTGAAACAAGAGGGTGCAGTAAAGAGGATCTA
gattgac putative branch site (score: 3)
tatctttt putative PPT
aatatatcttttaaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attagtagctcctccttgtattattcagaatcaaaatctgggtatggatggatgtgattgacaaaagtgatatttactgaaggaatatatcttttaacagGTGTGAAGCATATTCAACATACCCCCGGACTTACGATTTACTCCATGCATGGACTGTGTTTTCTGACATTGAAACAAGAGGGTGCAGTAAAGAGGATCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - ctcctcc
- - - - - - - - - - - - - - - -caaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgattg