1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatttatctgtataaaacaactagctaataaaagagcaatgtggggttatagtttattttctaacatatgtgtatctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAATTCAAAGGAGATGGTTATACAACTTGTGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G45380.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: -CAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAG GATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAAEST: gi|193345780|gb|FK311301.1|FK311301
genomic: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAGgtatttatct ... atctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAA
EST: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAG GATACGTTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAAEST: gi|151394579|gb|EV264450.1|EV264450
genomic: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAGgtatttatct ... atctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAA
EST: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAG GATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAAEST: gi|193320034|gb|FK287655.1|FK287655
genomic: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAGgtatttatct ... atctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAA
EST: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAG GATACGTTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAA
genomic: ACAATGGTGGTTGTTGGCAGGATAAAGCAGCTAACATCACTGCATGCAAGgtatttatct ... atctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAA
taaaagagcaatgtggggttatagtttattttctaacatatgtgtatctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAATTCAAAGGAGATGGTTATACAACTTGTGAAG
ttctaac putative branch site (score: 1)
tctgctc putative PPT
ttatagtttattttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttatctgtataaaacaactagctaataaaagagcaatgtggggttatagtttattttctaacatatgtgtatctgctcagGATACATTCCGTGGGAGAGTATGTGAATGCCCTCTGGTTGATGGTGTACAATTCAAAGGAGATGGTTATACAACTTGTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG