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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgtatgcagttaatttaataaaaaattatatatatctttggatttttccccattttcatcacatgaaacttagcttatttttttataactccaataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCAGCAGTTGTGCAATATCTTGTCTGGCTGGATAAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G38410.4
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G38410.4 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0023g01300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
-gttgtatgcagttaatttaataaaaaattatatatatctttggatttttccccattttcatcacatgaaacttagcttatttttttataactccaataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCAGCAGTTGTGCAATATCTTGTCTGGCTGGATAAGAAG
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agtagtactacatta---taattatttttttttgatagggtagtaatacgttataattacctt-caccagactaatcttttctcgtactggattaaat--ttctagAATCCAGTTGAGTTGGATGGATTAAGAAAGGCACACATTCGGGATGGTGCAGCTGTTGTGCAATATCTTGTTTGGCTGGATAAGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193721886|gb|FK659434.1|FK659434
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193377357|gb|FK338795.1|FK338795
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207720317|gb|GD701262.1|GD701262
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAA-GGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193359415|gb|FK326334.1|FK326334
EST:     CAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: CAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193584992|gb|FK539399.1|FK539399
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193658739|gb|FK600786.1|FK600786
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|208221026|gb|GE020696.1|GE020696
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATT
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATT
EST: gi|207848798|gb|GD818829.1|GD818829
EST:     GCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: GCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193434730|gb|FK403276.1|FK403276
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         A-CTCGGTGGAGTTGGATAGGGTTAAAAAA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGAT-GGGTTAAAAAA
EST: gi|208098474|gb|GD896883.1|GD896883
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193714379|gb|FK648930.1|FK648930
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207761950|gb|GD732515.1|GD732515
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207773528|gb|GD744554.1|GD744554
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193629888|gb|FK575014.1|FK575014
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193610376|gb|FK566192.1|FK566192
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
EST: gi|193560897|gb|FK519336.1|FK519336
EST:     TGCAGCAATTCACCTTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
genomic: TGCAGCAA-TCACC-TTTAGCCCTTGCAAAAGC-TTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
EST: gi|193661510|gb|FK601778.1|FK601778
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACT-CGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
EST: gi|207759138|gb|GD731705.1|GD731705
EST:     AAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: AAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|208216917|gb|GE011211.1|GE011211
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193602207|gb|FK558876.1|FK558876
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCAC
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCAC
EST: gi|193483784|gb|FK451893.1|FK451893
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGT
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGT
EST: gi|207838975|gb|GD809993.1|GD809993
EST:     TTACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: -TACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193424417|gb|FK386878.1|FK386878
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193668247|gb|FK609293.1|FK609293
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193678070|gb|FK615828.1|FK615828
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|208262704|gb|GE058848.1|GE058848
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193509641|gb|FK471165.1|FK471165
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193530131|gb|FK486162.1|FK486162
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCCTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193651425|gb|FK594624.1|FK594624
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGT
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGT
EST: gi|193547516|gb|FK501453.1|FK501453
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207799895|gb|GD771036.1|GD771036
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207784400|gb|GD757255.1|GD757255
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|208067081|gb|GD866863.1|GD866863
EST:     AAAAGACTTTAAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
genomic: AAAAG-CTTT-AAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGC
EST: gi|207700587|gb|GD683694.1|GD683694
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207786242|gb|GD758649.1|GD758649
EST:     TGCAGCAATCACCTTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: TGCAGCAATCACC-TTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|208204183|gb|GE006988.1|GE006988
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|308222672|gb|HO760582.1|HO760582
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193679421|gb|FK621031.1|FK621031
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|308222671|gb|HO760581.1|HO760581
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|207834791|gb|GD808582.1|GD808582
EST:     CAATCACCTTTAGCCCTTGC-AAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: CAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193362988|gb|FK328752.1|FK328752
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATAGTTCGGGATGGTGC
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATA-TTCGGGATGGTGC
EST: gi|193593181|gb|FK548863.1|FK548863
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|193510295|gb|FK469817.1|FK469817
EST:     GTTCCCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
genomic: GTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
EST: gi|6502373|gb|AW203746.1|AW203746
EST:     ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAG                         AACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCA
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genomic: ATACAGTTCTCTTGCAGCAATCACCTTTAGCCCTTGCAAAAGCTTTAAAGgttgtatgca ... ataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccattttcatcacatgaaacttagcttatttttttataactccaataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCAGCAGTTGTGCAATATCTTGTCTGGCTGGATAAGAAG
                                  ttataac  putative branch site (score: 2)
                          ttatttttttataact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgtatgcagttaatttaataaaaaattatatatatctttggatttttccccattttcatcacatgaaacttagcttatttttttataactccaataattttagAACTCGGTGGAGTTGGATGGGTTAAAAAAGGCACATATTCGGGATGGTGCAGCAGTTGTGCAATATCTTGTCTGGCTGGATAAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG