1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaattttgaaaatttaaaattatgaagcataaggttattatttatgaatgtatttgtgttaatatcatatggtgtggtatttattttgaattttattatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G35220.5 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGAEST: gi|6566331|gb|AW234004.1|AW234004
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGAEST: gi|51342372|gb|CO983451.1|CO983451
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGAEST: gi|23733789|gb|BU765106.1|BU765106
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCCCCTTCATCTTGAEST: gi|209727324|gb|BW663333.1|BW663333
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: CCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGAEST: gi|19347477|gb|BM892357.1|BM892357
genomic: CCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAEST: gi|10843315|gb|BF067170.1|BF067170
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGA
EST: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTG GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
genomic: ACACTCCCTGTGGTTTATGATCGTGGCCTTATTGGAACCTTCCATGATTGgtaattttga ... tatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGA
atttgtgttaatatcatatggtgtggtatttattttgaattttattatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGA
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttttatt putative PPT
tatttattttgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattttgaaaatttaaaattatgaagcataaggttattatttatgaatgtatttgtgttaatatcatatggtgtggtatttattttgaattttattatttggtagGTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA