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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatggctatctatcaattattggcttaaatgactaatgtgcatttataatactcttcaactcttgtttgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G01070.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G01070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT4G29130.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-----------gtaatggctatctatcaattattggcttaaatgacta--atgtgcatttataatactcttc-------aactcttgtttgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC
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gtacgagtttttaaaccccggtttgttgttacaaaatgccaatacctacgaggtgtctcgagaatgagtttctatgtggaatttcattttgcagATTCTTGAGAAAATCATTTCCGGTATGTACTTGGGAGAGATTTTGCGAAGAGTTCTTCTAAAGATGGCTGAAGATGCTGCTTTCTTTGGCGATACAGTCC

upper sequence: GLYMA01G01070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT2G19860.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-----------------gtaatggctatcta-----tcaattattggcttaa-atgactaatgtgcatttataatactcttcaactcttgtttgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC
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gtatgagctttgaaactatgctgttttccgagagtttcgcttattgaaatatcatcatgaccataagattatatctggctatatttgttttcttcagATTCTTGAGAAAATCATTTCCGGAATGTATCTGGGAGAAATCTTGCGTAGAGTTCTTCTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGCCTTCTTTGGCGATATCGTCC

upper sequence: GLYMA01G01070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv11s0016g03070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
-------gtaatggctat--ctatcaattattggctta-aatgactaatgtgcatttat-aatactcttcaactc-ttgtt--tgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC
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gtgactgattttgtttgagattaccaagttccatcttgtaattgctt-tttggatgaattaatgccggaaaggttgctgttgtcacagATTTTTGAGAAGATTATTTCTGGTATGTATTTGGGAGACATTGTACGCAGAGTCTTGTGTCGTATGGCTGAAGAAGCTGACCTTTTTGGGGACACTGTTC

upper sequence: GLYMA01G01070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ25912 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 6
gtaatggctatctatcaattattggctt--aaatgacta-atgtgcatttataatactcttcaactcttgtt----tgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC
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--------------------gtaagcttgaaaatgaccacaaaaacaattcctaccctaccctacctgtgttggactgtagATATTCGAGAAGATGATATCTGGAATGTACCTGGGTGACATTGTGAGGAGAGTGTTGTGGAAACTGGCTGCCGAAGCGGCATTCTTTGGAGGAAAGGTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattggcttaaatgactaatgtgcatttataatactcttcaactcttgtttgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC
             gactaat  putative branch site (score: 2)
                                          ctcttgttt  putative PPT
                        atttataatactctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaatggctatctatcaattattggcttaaatgactaatgtgcatttataatactcttcaactcttgtttgcagATTTTTGAGAAGATAATTTCTGGTATGTATTTGGGTGACATTGTAAGGAGAGTTTTGTTGAAGATGGCTGAAGAAGCTGACTTCTTTGGAGATACTGTTC

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