Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actgcctatacatttcggaaatgtgcatttggtcacttacaaacataaaagaaggaaagtttagatatttccttattttagtgttttgtctgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0084S00210.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31466779|gb|CD408807.1|CD408807
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|151395373|gb|EV265244.1|EV265244
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGGCAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|31466766|gb|CD408794.1|CD408794
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTC
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTC
EST: gi|120495393|gb|EH223560.1|EH223560
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|213615448|gb|DB965520.1|DB965520
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|19348874|gb|BM893406.1|BM893406
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|120529743|gb|EH257877.1|EH257877
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|192299755|gb|FG990050.1|FG990050
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTCATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|192314929|gb|FK010747.1|FK010747
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|214009602|gb|DB988311.1|DB988311
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|51343312|gb|CO984045.1|CO984045
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|31465032|gb|CD407060.1|CD407060
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|120494745|gb|EH222912.1|EH222912
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTT-ATCTTTATCACTTGCGATTTT-AACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTG-GATTTTTAACG
EST: gi|120529184|gb|EH257318.1|EH257318
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
EST: gi|9902884|gb|BE611852.1|BE611852
EST:     TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATG                         GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGACACTAA
genomic: TTCAATGTATGAATCAGATGACATAATTCGGTATTTGGTTGACAAATATGgtttgtgtct ... tgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGACACTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaaagaaggaaagtttagatatttccttattttagtgttttgtctgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG
                                      ttttgtct  CT-rich tract
              tttagatatttcctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actgcctatacatttcggaaatgtgcatttggtcacttacaaacataaaagaaggaaagtttagatatttccttattttagtgttttgtctgttatgtagGCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
-ctgccta
- - - - - - - - - - - -tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg