Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   		53  
 5'  3'   		54  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgagttaatttacttgtattaccacatgttcttaattgaacttgcattttgtatttctaccggcgattgggagtagtagaattgagtatttgaccattggcaattgattttaacattttggcagATGGAGAAGAATGCTGCAGCTGGAAGAACTCCTTCGAGTTTACCGATGCCAACCCCTCCACCGGCATCTTTAAATATATCTTCCCCTGATTTTGCACCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35140.1
intron # 53
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 53
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 50
gttgagttaatttacttgtattaccacatgttcttaattgaacttgcattttgtatttctaccggcgattgggagtagtagaattgagtatttgacc-attggcaattgat-tttaacattttggcagATGGAGAAGAATGCTGCAGCTGGAAGAACTCCTTCGAGTTTACCGATGCCAACCCCTCCACCGGCATCTTTAAATATATCTTCCCCTGATTTTGCACCTC---
                                           ||||  |||  | | ||   || | ||  |  ||||    | | || ||| ||  |||||| |||    |||     |   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | ||  |  | || ||||| ||      |  |  |||| | || ||  | |||||||||    
-----------------------------------------gtttgctattt-caatcctggaggtgtttaagc-tagttt--tggtgtttttaactgattggctattatcgtttttggctcatgcagGTGGAGAAGAATGCTGCTGCTGGAAGAACTCCCTCCAGCCTTCCATTATCCACACCTCCGCCAAT---TGCACCTATACCCTCTCCAAAATTTGCACCTTCAC

upper sequence: GLYMA10G35140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 53
lower sequence: GRMZM2G009849_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 33
gttgagttaatttacttgtattaccacatgttcttaattgaacttgcattttgtatttctaccggcgattgggagtagtagaattgagtatttgaccattggcaattgattttaacattttggcagATGGAGAAGAATGCTGCAGCTGGAAGAACTCCTTCGAGTTTACCGATGCCAACCCCTCCACCGGCATCTTTAAATATATCTTCCCCTGATTTTGCACCTC---
               | ||| |  ||     | ||    ||  |||   ||  |||||  |       |||   |  |||  |||||  |||| |  |       ||| ||  ||       |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||  || | || || || ||   | |   ||   || |||| ||  | || |||||     
-------------gttggtaatctcag----ttttggaggagtttgagcttgttattttaatt-----ttgtttgaggtacgattga--atttaattac-----gttgtttgcaat------gcagGTGGAGAAGAATGCAGCAGCTGGAAGAACGCCTTCTAGTCTTCCACTGTCCACGCCACCCCCAATAGCAGCAA---TACCTTCTCCAAAATTGGCACCGTCCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggagtagtagaattgagtatttgaccattggcaattgattttaacattttggcagATGGAGAAGAATGCTGCAGCTGGAAGAACTCCTTCGAGTTTACCGATGCCAACCCCTCCACCGGCATCTTTAAATATATCTTCCCCTGATTTTGCACCTC
                                      ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                aattgattttaacatt  TA-rich tract