1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gaattgttgttaactttcaaaaagtttgatgaaaaaccagtccctgaaaatttgcactctaaaacaaactaattgttagagttgattctttcctttatagGCTGGTTACAATGTTATTTCTTATGATCATCCAACACGATTGAAAACTGGCATGGAGCTTTTAAGTGCTACTCAAGAAATCGAGTCACAATTACACAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G25020.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAAGATCTATCTGCGCTGACTTTCCGAGAACCTGGCAAGAGAAAAGTG GCTGGTTACAATGTTATTTCTTATGATCATCCAACACGATTGAAAACTGGC
genomic: ACAAAGATCTATCTGCGCTGACTTTCCGAGAACCTGGCAAGAGAAAAGTGgttggtaatt ... tcctttatagGCTGGTTACAATGTTATTTCTTATGATCATCCAACACGATTGAAAACTGGC
gaaaatttgcactctaaaacaaactaattgttagagttgattctttcctttatagGCTGGTTACAATGTTATTTCTTATGATCATCCAACACGATTGAAAACTGGCATGGAGCTTTTAAGTGCTACTCAAGAAATCGAGTCACAATTACACAAG
ttgattctttccttt CT-rich tract
taaaacaaactaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaattgttgttaactttcaaaaagtttgatgaaaaaccagtccctgaaaatttgcactctaaaacaaactaattgttagagttgattctttcctttatagGCTGGTTACAATGTTATTTCTTATGATCATCCAACACGATTGAAAACTGGCATGGAGCTTTTAAGTGCTACTCAAGAAATCGAGTCACAATTACACAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - tgttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - gaaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa