Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcatagctgattatattttgaaaattgcatttttaatgtgatccatataattctaatgctacttttgttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGTGCTAGCGTCCTGAAAATTCCTCTTTACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G37520.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G37520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0007g03960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtgcatagctgattatattttgaaaattgcatttttaatgtgatccatataattcta-atgctacttttgttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGTGCTAGCGTCCTGAAAATTCCTCTTTACAAG
||      |  | ||  |||||   |   |||| ||  | | |  |||||    | |  | | |  |||||| ||  |||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| || |  ||   ||| ||||| |||||||||
gtagtggaccaaatagcttttgtgtac-acattctttttataacacatattcaccaatgttccaaatttgtttttgcagCTTGGAGCTAATGCCATACTGGCAGTGTCCCTTGCAGTTTGCAAAGCTGGGGCCATTGTTAAGAATATTCCCCTTTACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7146883|gb|AW508805.1|AW508805
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|7591405|gb|AW707139.1|AW707139
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|18692943|gb|BM521791.1|BM521791
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209713142|gb|BW653851.1|BW653851
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209703741|gb|BW656874.1|BW656874
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|9203701|gb|BE329925.1|BE329925
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|10847605|gb|BF070257.1|BF070257
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|208289502|gb|GE088469.1|GE088469
EST:     GTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: GTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|213617098|gb|DB963571.1|DB963571
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|192332024|gb|FK026318.1|FK026318
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209708400|gb|BW665375.1|BW665375
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|23063911|gb|BU578685.1|BU578685
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|254325331|gb|GR838212.1|GR838212
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|22541109|gb|BU090952.1|BU090952
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|21637797|gb|BM107952.1|BM107952
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|17021938|gb|BM092972.1|BM092972
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|37997044|gb|CF808633.1|CF808633
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209705294|gb|BW678461.1|BW678461
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|15813773|gb|BI786048.1|BI786048
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209708688|gb|BW678869.1|BW678869
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCT
EST: gi|6746664|gb|AW317182.1|AW317182
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|19936119|gb|BQ080730.1|BQ080730
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|213613603|gb|DB963291.1|DB963291
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|120531151|gb|EH259284.1|EH259284
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|192295280|gb|FG985934.1|FG985934
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|6915390|gb|AW396920.1|AW396920
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209713326|gb|BW684413.1|BW684413
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|7588507|gb|AW704363.1|AW704363
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|19937138|gb|BQ081164.1|BQ081164
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|213618012|gb|DB963645.1|DB963645
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGNGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGC
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGC
EST: gi|18734041|gb|BM527952.1|BM527952
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|19936531|gb|BQ080907.1|BQ080907
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|192297299|gb|FG990633.1|FG990633
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209716341|gb|BW676895.1|BW676895
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|213618071|gb|DB963704.1|DB963704
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|11688217|gb|BF595893.1|BF595893
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCATAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209728017|gb|BW666739.1|BW666739
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|16997098|gb|BM086470.1|BM086470
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209716491|gb|BW676941.1|BW676941
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|209725450|gb|BW658303.1|BW658303
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|213606541|gb|DB959009.1|DB959009
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
EST: gi|192294899|gb|FG987588.1|FG987588
EST:     TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAG                         CTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT
genomic: TTCAACAGCTTGATGGAACTGTTAACGAATGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGgtgcatagct ... gttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattgcatttttaatgtgatccatataattctaatgctacttttgttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGTGCTAGCGTCCTGAAAATTCCTCTTTACAAG
                             ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                        cttttgtt  putative PPT
                       atataattctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcatagctgattatattttgaaaattgcatttttaatgtgatccatataattctaatgctacttttgttgttttagCTAGGAGCAAATGCCATATTGGCAGTGTCTCTTGCAGTCTGCAAAGCTGGTGCTAGCGTCCTGAAAATTCCTCTTTACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG