1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttttttgggtaaaaagtaaataaattaaaaggaaatcttcttgcatccttatcttatgtgcccttttggctaacattaccaatgaatctattatttcagTCATTTGGTATAAAAGTTGGCTATGGACGTCCCCAAGGTCAACCAGGTGCCAGAGATGGAACTGTTTCAGCCAGAGGTGGGTGTTGCAGCTGATTGAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G07230.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAAGATTCTTCAGAATATCCAGGAAGGTGTGTTTGATGTGTCCAATGAG TCATTTGGTATAAA-GTTGGCTATGGACGTCCCCAAG-TCAACCAGGTGC-EST: gi|192307450|gb|FK000778.1|FK000778
genomic: GCAAGATTCTTCAGAATATCCAGGAAGGTGTGTTTGATGTGTCCAATGAGgtaattatat ... attatttcagTCATTTGGTATAAAAGTTGGCTATGGACGTCCCCAAGGTCAACCAGGTGCC
EST: GCAAGATTCTTCAGAATATCCAGGAACGTGTGTTTGATGTGTCCAATGAG TCATTTGGTATAAA-GTTGGCTATGGACGTCCCCAAG-TCAACCAGGTGCC
genomic: GCAAGATTCTTCAGAATATCCAGGAAGGTGTGTTTGATGTGTCCAATGAGgtaattatat ... attatttcagTCATTTGGTATAAAAGTTGGCTATGGACGTCCCCAAGGTCAACCAGGTGCC
atccttatcttatgtgcccttttggctaacattaccaatgaatctattatttcagTCATTTGGTATAAAAGTTGGCTATGGACGTCCCCAAGGTCAACCAGGTGCCAGAGATGGAACTGTTTCAGCCAGAGGTGGGTGTTGCAGCTGATTGAGAG
ggctaac putative branch site (score: 2)
ttatttc putative PPT
aatgaatctattattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttttttgggtaaaaagtaaataaattaaaaggaaatcttcttgcatccttatcttatgtgcccttttggctaacattaccaatgaatctattatttcagTCATTTGGTATAAAAGTTGGCTATGGACGTCCCCAAGGTCAACCAGGTGCCAGAGATGGAACTGTTTCAGCCAGAGGTGGGTGTTGCAGCTGATTGAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - ggtaaaaa
- - - - - - - - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - aaaggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaatga