Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtgtccaaactatccaaggcttgtgcttgtgggctgtagcatactgatgatggatacactgagtgtatatgttgtattttaatgagtttttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G49070.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31475528|gb|CD417556.1|CD417556
EST:     CATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACCAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208165297|gb|GD961549.1|GD961549
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATACTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|9204535|gb|BE330759.1|BE330759
EST:     CATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGTATGCTGCATATTACCATGTAGGTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|213611942|gb|DB964834.1|DB964834
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|58015357|gb|CX702099.1|CX702099
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|31310052|gb|CD395255.1|CD395255
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193361033|gb|FK326881.1|FK326881
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGT
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGT
EST: gi|38192070|gb|CF921276.1|CF921276
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193497871|gb|FK458695.1|FK458695
EST:     CTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: CTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207847351|gb|GD820392.1|GD820392
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|20813195|gb|BQ297673.1|BQ297673
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAAATGACAA-GGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTAC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAA-TGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTAC
EST: gi|192329955|gb|FK021541.1|FK021541
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGGCTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193492383|gb|FK454793.1|FK454793
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207757687|gb|GD728629.1|GD728629
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|5760695|gb|AI966058.1|AI966058
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTACAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAAATGACAA-GGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAA-TGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC
EST: gi|151407975|gb|EV277790.1|EV277790
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|6746954|gb|AW317410.1|AW317410
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAAGTGATGCTTTGAATGCTGGATATTACCATGTAGTTTACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192314315|gb|FK007053.1|FK007053
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|120531919|gb|EH260052.1|EH260052
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACCAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|16280918|gb|BI944216.1|BI944216
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACNAAGGTGATGCTNTGAATGCTGCATATTAACCATG-AGTTAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTA-CCATGTAGTTAACC
EST: gi|207712961|gb|GD692899.1|GD692899
EST:     TGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGGCTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: TGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|213613515|gb|DB978620.1|DB978620
EST:     ACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACCCT                         GAATGACAAAGTTTATGCTTTGAATGCTGCATACAACCAAGTAGTTAACCC
genomic: ACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|254347347|gb|GR853596.1|GR853596
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|8826174|gb|BE209834.1|BE209834
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACANANGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192322089|gb|FK012193.1|FK012193
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208186266|gb|GD987119.1|GD987119
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208180909|gb|GD977106.1|GD977106
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|57574290|gb|CX547265.1|CX547265
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207829169|gb|GD798901.1|GD798901
EST:     GCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: GCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|58014974|gb|CX701716.1|CX701716
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192329954|gb|FK021540.1|FK021540
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGGCTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192314316|gb|FK007054.1|FK007054
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgatggatacactgagtgtatatgttgtattttaatgagtttttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT
                                          tttttttgttc  CT-rich tract
                     tatatgttgtatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtgtccaaactatccaaggcttgtgcttgtgggctgtagcatactgatgatggatacactgagtgtatatgttgtattttaatgagtttttttgttcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - -ccaaact
- - - - - - - - - - cttgtgc
- - - - - - - - - - - - - -ttgtggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgagtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgta