1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ggttatatgttggaagggcaaactttgttccattctctctgtatgttttaggattgttacaaacattgtaaatttctaatgtcctatccttgcatgcagaCCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATGATTTTGAGAGTGTTAGAAATCAGTTTGAGGAGAAAACCAAGAAATCAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G48800.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTATCGAAACGACTATTAAGCCCCAGCTTGAGTTTCTCCAGGAAAATA CCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATGEST: gi|254335329|gb|GR846826.1|GR846826
genomic: CTTTATCGAAACGACTATTAAGCCCCAGCTTGAGTTTCTCCAGGAAAATGtaagggtttt ... tgcatgcagaCCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATG
EST: CTTTATCGAAACGACTATTAAGCCCCAGCTTGAGTTTCTCCAGGAAAATA CCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATG
genomic: CTTTATCGAAACGACTATTAAGCCCCAGCTTGAGTTTCTCCAGGAAAATGtaagggtttt ... tgcatgcagaCCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATG
ttttaggattgttacaaacattgtaaatttctaatgtcctatccttgcatgcagaCCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATGATTTTGAGAGTGTTAGAAATCAGTTTGAGGAGAAAACCAAGAAATCAGT
ttctaat putative branch site (score: 2)
tcctatcctt CT-rich tract
attgtaaatttctaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggttatatgttggaagggcaaactttgttccattctctctgtatgttttaggattgttacaaacattgtaaatttctaatgtcctatccttgcatgcagaCCAAGGATGAAATTCTTATACAAAATCAGGCAGCTAAGGAAGAGTTGCATGATTTTGAGAGTGTTAGAAATCAGTTTGAGGAGAAAACCAAGAAATCAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - -ggaaggg
- - - - - - - - - - - - - - - cattctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaacat