1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aatagtggttcaatacttataaaattgaccaattactatttcaaacaatgaattattcaattaaataactttctaagcttatgaaattaatgtgtcacagGTGTAAAGTGGAGGACATTCTTCTTGAGATGGATCGAATTTTGAGGCCAGAAGGAAGTGTAATCTTGCGAGATGATGTGGATGTGTTGTTGAAGGTGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G46020.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTATGACTTCATACATGGTGACTCAGTTTTTAGCCTCTACCAGAACAG GTGTAAAGTGGAGGACATTCTTCTTGAGATGGATCGAATTTTGAGGCCAGA
genomic: ACTTATGACTTCATACATGGTGACTCAGTTTTTAGCCTCTACCAGAACAGgtagttgtca ... tgtgtcacagGTGTAAAGTGGAGGACATTCTTCTTGAGATGGATCGAATTTTGAGGCCAGA
caatgaattattcaattaaataactttctaagcttatgaaattaatgtgtcacagGTGTAAAGTGGAGGACATTCTTCTTGAGATGGATCGAATTTTGAGGCCAGAAGGAAGTGTAATCTTGCGAGATGATGTGGATGTGTTGTTGAAGGTGAAG
aattattcaattaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatagtggttcaatacttataaaattgaccaattactatttcaaacaatgaattattcaattaaataactttctaagcttatgaaattaatgtgtcacagGTGTAAAGTGGAGGACATTCTTCTTGAGATGGATCGAATTTTGAGGCCAGAAGGAAGTGTAATCTTGCGAGATGATGTGGATGTGTTGTTGAAGGTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- -agtggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttatg