Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatggttcactttccttcaaatgcaatttttttattattacattgtttaggcctggttcttcctttgagataaaccttagaatctttatctacttcatgatagatcaatttctccttttgaagtcatacagatttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtatttacgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G17520.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G17520.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G23070.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtaaatggttcactttccttcaaatgcaatttttttattattacattgtttaggcctggttcttcctttgagataaaccttagaatctttatctacttcatgatagatcaatttctccttttgaagtcatacagatttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtatttacgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                         | ||   |||||   |   |||   |   | |||||    || | |   ||     |||||       ||| |  || |   |  |    |||||   |||| |       |||| |         ||  |     || ||        |||  ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || |||
-------------------------gtaagcgttttaagctagaatttagttaacttggtttaagctgtaatggaatgacaagaattcgacagtacattttggttattttaccattcctt---aagttag------ttaagt-------ggtgaatattgtatact-------ctactgtttgcagATATTCCGCAAGGAGCCGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAG

upper sequence: GLYMA17G17520.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0129g00270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaaatggttcactttccttcaaatgcaatttttttattattacattgtttaggcctggttcttcctttgagataaaccttagaatctttatctacttcatgatagatcaatttctccttttgaagtcatacagatttaaatctcctcccctgcttgcc-tcatgcttgtgt-----atttacgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                                                             |     |||  |      || |   ||||||   ||| || |  ||  |    ||  ||  || |  | |||||| | |       ||  |   ||||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------ggtggcagatggcaaggtggtt-ccaattttgacaccatgcaaaggtatgtggtgtcaactctttactgtgatgcttattttaaaagcttgtgccatacagATTTTCCGCAAGGAGCCATTTTTCTACGGGCATGATAATTATGATCAACTGGTTAAAATAGCTAAG

upper sequence: GLYMA17G17520.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S165_119V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gtaaatggttcactttccttcaaatgcaatttttttattattacattgtttaggcctggttcttcctttgagataaaccttagaatctttatctacttcatgatagatcaatttctccttttgaagtcatacagatttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtatttacgtt-ttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                  ||    |  |||    ||  | ||       |   || ||   ||  |||   |   ||  |   |   ||||    | |   | ||||  | |    |     |  | | |  |  ||| ||| | ||  || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || ||||||
-------------------------------------------------gtaaatttaattccaagttcaatat---ttcgatggtccttgatta--tcacagtttgtcgctacgttgatttg----ctttttggtttagtttttgagcttgattctcgttaaacaggtgaattgaagtgattgcagATATTTCGGAAGGAGCCATTCTTTTATGGGCATGACAATTATGATCAACTTGTGAAGATTGCTAAG

upper sequence: GLYMA17G17520.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S63_208V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gtaaatggttcactttccttcaaatgcaatttttttattattacattgtttaggcctggttcttcctttgagataaaccttagaatctttatctacttcatgatagatcaatttctccttttgaagtcatacagatttaaatctcctcccctgcttgcc-tcatgcttgtgtatttacgtt-ttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                        |      ||||   || | |   |   ||   | ||||  ||| | ||  |    |||| | |  ||      | | |||||     | ||    | |||  | | |||||   |   || |||  || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || || || || |||
-------------------------------------------------------gtaacgtatcctcgcagtttatttt---aacactaatct--ttcgttatttacagttttcccatgatgtgtatctgc-gattttttcattctgaagtacttctcgttatgctgaagagattgcgtggttgcagATCTTTCGGAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGACAATTATGATCAGCTTGTGAAGATTGCCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18734981|gb|BM528497.1|BM528497
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|9564123|gb|BE473632.1|BE473632
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTTAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|21887281|gb|BQ740494.1|BQ740494
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|17963627|gb|BM270374.1|BM270374
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|13478623|gb|BG508028.1|BG508028
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTT
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACT-
EST: gi|18038926|gb|BM307220.1|BM307220
EST:     TGATTACTCTCCTAAATT-ATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGAAG                         ATATTCCCTAAGGAACCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: TGATTACTCTC-TAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|14260055|gb|BG882963.1|BG882963
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|9565463|gb|BE474972.1|BE474972
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|254330876|gb|GR842141.1|GR842141
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... cgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagatttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtatttacgttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
     ttaaatct  TA-rich tract