1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...accttgaatgctgtagcttcagtttctctttccctttttggatgttcataacttaatgatatttgttaaaaaactaacccacatcttatctttcctgcagGAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATACTGAGGGAGCTCAAGAAGAGGATTGAACAAGAGACTGGACAGAAGCTTCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G27960.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACCCCGACACAGGTCATTTTTACAAATACATCTATCCCAAAGCCTCAAG GAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATACEST: gi|51338397|gb|CO982263.1|CO982263
genomic: TACCCCGACACAGGTCATTTTTACAAATACATCTATCCCAAAGCCTCAAGgttggttaaa ... tttcctgcagGAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATAC
EST: TACCCCGACACAGGTCATTTTTACAAATACATCTATCCCAAAGCCTCAAG GAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATAC
genomic: TACCCCGACACAGGTCATTTTTACAAATACATCTATCCCAAAGCCTCAAGgttggttaaa ... tttcctgcagGAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATAC
tcataacttaatgatatttgttaaaaaactaacccacatcttatctttcctgcagGAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATACTGAGGGAGCTCAAGAAGAGGATTGAACAAGAGACTGGACAGAAGCTTCC
aactaac putative branch site (score: 1)
catcttatctttcct putative PPT
acttaatgatatttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accttgaatgctgtagcttcagtttctctttccctttttggatgttcataacttaatgatatttgttaaaaaactaacccacatcttatctttcctgcagGAATTTATTGGGACAAGTTGTCTCCTGAGAAGTTGGGACAAGTTCGTATACTGAGGGAGCTCAAGAAGAGGATTGAACAAGAGACTGGACAGAAGCTTCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - -gaatgct
- - - - - - - -gcttcag
- - - - - - - - - - - - - -ctttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaaccc