Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagtaccatttggaatctctcttgttcggttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27010.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaaagtaccatttggaatctctcttgttcggttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
                       | | |   |  ||||| |  |  |      ||       ||  |  || ||     |  ||  || |     | | ||| | || |   |    |  |   | |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
-----------------------catttatagacattttaacact-tacaagatattgccatttagttgtaaatactgcttctcctttat-----attggaagtattgaagctgtctccgat--aatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGTGCTGTACTAAGCATTCGTTTCAATGAAGATATATTGAGTGTGTGGAATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31464192|gb|CD406220.1|CD406220
EST:     TTGGGAGGACC-------T-----G                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|57575959|gb|CX548930.1|CX548930
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58021292|gb|CX708033.1|CX708033
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151394261|gb|EV264132.1|EV264132
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|37995997|gb|CF807586.1|CF807586
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58020447|gb|CX707189.1|CX707189
EST:     TTGGGAGGACC-------T-----G                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|16348486|gb|BI974081.1|BI974081
EST:     TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192295554|gb|FG988128.1|FG988128
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|21677127|gb|BQ629478.1|BQ629478
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58017961|gb|CX704703.1|CX704703
EST:     TTGGGAGGACCTG------G-----                         -TTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: TTGGGAGGACCTGTTAATTGACCAGgtaaagtacc ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
                           ttttaat  putative branch site (score: 3)
                     ttgaatttttaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaagtaccatttggaatctctcttgttcggttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT