1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...tatatagttgaggtataaactattaatttgctaccctttatctagaattttgtactgttcataaaaagagtgtgaacagcatgctatttattccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGCTATTGAAGCTGGAGCTCATGTTGTAACCAACGCTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G25390.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTC ATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGCEST: gi|193458798|gb|FK425119.1|FK425119
genomic: TCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtattt ... ttccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
EST: CTGCTACATCATGTGAT-GGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTC ATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
genomic: CTGCTACATCATGTGATGGGCGAAACTGATGGGGAACGAGGAATTTGGTCgtatgtattt ... ttccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGC
aattttgtactgttcataaaaagagtgtgaacagcatgctatttattccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGCTATTGAAGCTGGAGCTCATGTTGTAACCAACGCTGAG
tttattcc CT-rich tract
ttcataaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatatagttgaggtataaactattaatttgctaccctttatctagaattttgtactgttcataaaaagagtgtgaacagcatgctatttattccatgtagATATGTTGAAGGTGGAATGGGCTCAATATCCAAGGCTATTGGTAATGCTGCTATTGAAGCTGGAGCTCATGTTGTAACCAACGCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - gttgagg
- - - - - - - - - - - - - - tgctacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgct