Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaaggaatgttgctatttttttaaactaaaaagaatcatttcatgacattgatttgtcaccgttggtttctgtctttgatggagtggaatttgttattgttattggatatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCAAGAATCGCACAAGGAATGAATGTGCAAAATAGGTAGTAGGTTTTGGTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G06100.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24206077|gb|BU965330.1|BU965330
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|31459048|gb|CD401076.1|CD401076
EST:     GGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTTTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|298190302|gb|HO032423.1|HO032423
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|14011483|gb|BG726405.1|BG726405
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|6501903|gb|AW203276.1|AW203276
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCA
EST: gi|254341084|gb|GR854812.1|GR854812
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|4282613|gb|AI440553.1|AI440553
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|254320127|gb|GR831043.1|GR831043
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|192307583|gb|FG999622.1|FG999622
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTTGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTTTGGATTTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|14259281|gb|BG882189.1|BG882189
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|13563366|gb|BG551595.1|BG551595
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|15000111|gb|BI320925.1|BI320925
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCA
EST: gi|192320601|gb|FK012011.1|FK012011
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTCCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|31307475|gb|CD392678.1|CD392678
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|16996018|gb|BM085390.1|BM085390
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|254336107|gb|GR841432.1|GR841432
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|192310236|gb|FK001934.1|FK001934
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCTGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|254336108|gb|GR841433.1|GR841433
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|22522815|gb|BU081626.1|BU081626
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|22522894|gb|BU081705.1|BU081705
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|9820747|gb|BE556257.1|BE556257
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|7232661|gb|AW568015.1|AW568015
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATA
EST: gi|19348683|gb|BM893215.1|BM893215
EST:     TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAG                         ACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
genomic: TGCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAGCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCA
EST: gi|4396720|gb|AI495717.1|AI495717
EST:     GCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGAAGCTG-CAGTTCCAGAG                         ACTTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAAC
genomic: GCATCATTATGATGGGCCAAAGTTTCGTCTTGA-GCTGTCAGTTCCAGAGgtatgaagga ... tatattgcagACT-CTGGATCTGTTGGACCTATGTGAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggtttctgtctttgatggagtggaatttgttattgttattggatatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCAAGAATCGCACAAGGAATGAATGTGCAAAATAGGTAGTAGGTTTTGGTGT
           ctttgat  putative branch site (score: 5)
                         aatttgttattgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgaaggaatgttgctatttttttaaactaaaaagaatcatttcatgacattgatttgtcaccgttggtttctgtctttgatggagtggaatttgttattgttattggatatattgcagACTCTGGATCTGTTGGACCTATGTGAACAAGCTGGTTCAGCAGCATAAGCAAGAATCGCACAAGGAATGAATGTGCAAAATAGGTAGTAGGTTTTGGTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA